人TERT基因启动子区生物信息学分析

发布时间：2021-01-27 09:03

　　目的:探讨人端粒酶逆转录酶基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点。方法:从NCBI数据库中获取人TERT基因组序列及其启动子序列:利用EMBOSS 6. 6. 0、Cp G finder 1. 0和MethPrimer 1. 0软件预测启动子区Cp G岛的位置;利用Patch 1. 0和PROMO 3. 0. 2软件预测可与TERT基因结合的潜在转录因子及结合位点。结果:TERT基因定位于5p15. 33,基因序列全长共41 881 bp,其启动子位于TERT基因5’端上游2 500 bp处,全长2 043bp。TERT基因启动子区可能存在2个Cp G岛和118个转录因子。结论:通过生物信息学软件对h TERT基因启动子进行预测分析,可提高对h TERT基因启动子的研究效率,以便更加深入了解h TERT基因的调控机制及其生物学功能。 

【文章来源】：肿瘤预防与治疗. 2020,33(03)

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

EMBOSS 6.6.0软件预测的甲基化Cp G岛图谱

Cp G finder 1.0软件预测的甲基化Cp G岛图谱

利用Patch 1.0程序搜索TRANSFAC数据库，共获得1 769个转录因子结合位点(包括小鼠和人类)，经筛选后共得到911个人类的转录因子结合位点，手工汇总去重后共得到95个转录因子，主要包括AP-1、AP-2、CTCF、FOR1、GATA-1、P58、PXR-1、RAR-alpha1、Sp1、TCF-1A、TCF-4等(表1)。2.3.2 PROMO预测结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]喉鳞状细胞癌及癌前病变R0切除术后复发危险因素研究[J]. 鲁海珍,尹英爱,吕宁.  肿瘤预防与治疗. 2019(07)



本文编号：3002789