氧—甲基转移酶Ubig和蓖麻毒素A链与抗体6C2复合物的结构生物学研究
发布时间：2021-02-14 19:52
第一部分：Ubig/Coq3家族蛋白膜结合特性的结构生物学研究泛醌,又称为辅酶Q。它是一种具备氧化还原性的磷脂,普遍存在于原核生物的细胞质膜和真核生物的线粒体内膜。无论是在原核生物还是在真核生物中,泛醌最主要的作用都是在呼吸链中作为电子的载体。另外,泛醌与人类的各种疾病都是息息相关的,例如癌症,神经退行性疾病和帕金森综合症等。Ubig/Coq3家族是一类SAM依赖的O-甲基转移酶,负责催化泛醌合成过程中的二步甲基转移反应。在泛醌合成过程中,首先,UbiA/Coq2催化异戊二烯基焦磷酸脂与芳香族羟基苯基酸进行缩合反应,然后苯醌环再进行各种修饰,包括C-甲基化,脱羧化,O-甲基化和羟基化。正如我们了解的,UbiA/Coq2是一类含有多跨膜区的膜蛋白,负责在磷脂上催化异戊烯的转移反应。那么,Ubig/Coq3家族蛋白是如何锚定到生物膜上并催化甲基转移反应却是并不清楚的。在本论文中,我们首次揭示Ubig/Coq3家族蛋白具备膜结合能力,能够直接性的结合原核生物的细胞质膜和真核生物的线粒体膜。与一型的S-腺甘基甲硫氨酸依赖的甲基转移酶相比,Ubig拥有一段独特的插入序列。这段富含碱性和疏水氨基酸...
【文章来源】：中国科学技术大学安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：128 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一篇 Ubig/Coq3家族蛋白的膜结合特性及结构生物学研究
第1章 综述：泛醌合成途径中氧甲基转移酶Ubig/Coq3家族蛋白的研究进展
1.1.1 泛醌概述
1.1.2 泛醌在生物体内的功能
1.1.3 泛醌在原核生物内的合成途径
1.1.4 泛醌在真核生物内的合成途径
1.1.5 SAM-依赖的甲基转移酶简介
1.1.6 Ubig/Coq3一种Ⅰ型的SAM-依赖的甲基转移酶
第2章 实验材料和方法
1.2.1 基因克隆和质粒构建
1.2.2 Ubig/Coq3家族蛋白及其突变体的表达、纯化
1.2.3 结晶、数据收集
1.2.4 脂质体制备和磷脂结合实验
1.2.5 等温滴量热反应实验（ITC）
1.2.6 大肠杆菌ubig敲除株的构建,半定量生长表型和生长曲线的测定
第3章 实验结果和讨论
1.3.1 Ubig蛋白的结构解析
1.3.2 Ubig的模型质量分析
1.3.3 Ubig的整体结构
1.3.4 Ubig/Coq3的膜结合能力
1.3.5 Ubig/Coq3的膜结合特异性
1.3.6 Ubig的膜结合区域
1.3.7 人源Coq3膜结合区的鉴定
1.3.8 大肠杆菌Ubig膜结合特性在体内的研究
1.3.9 大肠杆菌Ubig蛋白的甲基供体SAM的进出孔道
1.3.10 大肠杆菌Ubig甲基供体附近的保守区α螺旋6
1.3.11 讨论
本篇小结
本篇参考文献
第二篇 抗体6C2中和蓖麻毒素Ricin的结构生物学研究
第1章 综述：蓖麻毒素Ricin的致毒机理和免疫治疗
2.1.1 蓖麻毒素Ricin的毒性及其三维结构
2.1.2 蓖麻毒素Ricin的胞内转运过程
2.1.3 核糖体蛋白影响蓖麻毒素Ricin的毒性
2.1.4 蓖麻毒素Ricin的抗体研究进展
2.1.5 蓖麻毒素Ricin的抗体中和机制
2.1.6 单克隆抗体6C2是一种针对RTA的新型抗体
第2章 实验材料和方法
2.2.1 抗体6C2 Fab与RTA蛋白及其突变体的制备
2.2.2 RTA-6C2复合物的制备
2.2.3 RTA-6C2复合物的结晶、数据收集
2.2.4 酶联免疫吸附实验
2.2.5 蛋白质翻译抑制实验
2.2.6 表面等离子共振实验
2.2.7 Pull-Down实验
第3章 实验结果和讨论
2.3.1 RTA-6C2 Fab复合物的结构解析
2.3.2 RTA-6C2复合物结构的模型质量分析
2.3.3 RTA-6C2复合物的结构
2.3.4 分子RTA与6C2 Fab的相互作用界面
2.3.5 破坏RTA与6C2 Fab作用界面影响6C2抗体的保护作用
2.3.6 RTA在结合单克隆抗体6C2前后的结构比对
2.3.7 6C2阻碍RTA和核糖体的相互作用
2.3.8 讨论
本篇小结
本篇参考文献
附录：金黄色葡萄球菌中毒性调控因子Rot的结构生物学研究
第1章 综述:转录因子Rot的背景介绍
第2章 实验材料和方法
A2.1 克隆,纯化和表达
A2.2 结晶,数据收集和结构解析
第3章 实验结果和讨论
A3.1 金黄色葡萄球菌Rot的结构
A3.2 金黄色葡萄球菌Rot奇特的二体作用界面
A3.3 展望与小结
附录 涉及的参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果
本文编号：3033762
【文章来源】：中国科学技术大学安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：128 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一篇 Ubig/Coq3家族蛋白的膜结合特性及结构生物学研究
第1章 综述：泛醌合成途径中氧甲基转移酶Ubig/Coq3家族蛋白的研究进展
1.1.1 泛醌概述
1.1.2 泛醌在生物体内的功能
1.1.3 泛醌在原核生物内的合成途径
1.1.4 泛醌在真核生物内的合成途径
1.1.5 SAM-依赖的甲基转移酶简介
1.1.6 Ubig/Coq3一种Ⅰ型的SAM-依赖的甲基转移酶
第2章 实验材料和方法
1.2.1 基因克隆和质粒构建
1.2.2 Ubig/Coq3家族蛋白及其突变体的表达、纯化
1.2.3 结晶、数据收集
1.2.4 脂质体制备和磷脂结合实验
1.2.5 等温滴量热反应实验（ITC）
1.2.6 大肠杆菌ubig敲除株的构建,半定量生长表型和生长曲线的测定
第3章 实验结果和讨论
1.3.1 Ubig蛋白的结构解析
1.3.2 Ubig的模型质量分析
1.3.3 Ubig的整体结构
1.3.4 Ubig/Coq3的膜结合能力
1.3.5 Ubig/Coq3的膜结合特异性
1.3.6 Ubig的膜结合区域
1.3.7 人源Coq3膜结合区的鉴定
1.3.8 大肠杆菌Ubig膜结合特性在体内的研究
1.3.9 大肠杆菌Ubig蛋白的甲基供体SAM的进出孔道
1.3.10 大肠杆菌Ubig甲基供体附近的保守区α螺旋6
1.3.11 讨论
本篇小结
本篇参考文献
第二篇 抗体6C2中和蓖麻毒素Ricin的结构生物学研究
第1章 综述：蓖麻毒素Ricin的致毒机理和免疫治疗
2.1.1 蓖麻毒素Ricin的毒性及其三维结构
2.1.2 蓖麻毒素Ricin的胞内转运过程
2.1.3 核糖体蛋白影响蓖麻毒素Ricin的毒性
2.1.4 蓖麻毒素Ricin的抗体研究进展
2.1.5 蓖麻毒素Ricin的抗体中和机制
2.1.6 单克隆抗体6C2是一种针对RTA的新型抗体
第2章 实验材料和方法
2.2.1 抗体6C2 Fab与RTA蛋白及其突变体的制备
2.2.2 RTA-6C2复合物的制备
2.2.3 RTA-6C2复合物的结晶、数据收集
2.2.4 酶联免疫吸附实验
2.2.5 蛋白质翻译抑制实验
2.2.6 表面等离子共振实验
2.2.7 Pull-Down实验
第3章 实验结果和讨论
2.3.1 RTA-6C2 Fab复合物的结构解析
2.3.2 RTA-6C2复合物结构的模型质量分析
2.3.3 RTA-6C2复合物的结构
2.3.4 分子RTA与6C2 Fab的相互作用界面
2.3.5 破坏RTA与6C2 Fab作用界面影响6C2抗体的保护作用
2.3.6 RTA在结合单克隆抗体6C2前后的结构比对
2.3.7 6C2阻碍RTA和核糖体的相互作用
2.3.8 讨论
本篇小结
本篇参考文献
附录：金黄色葡萄球菌中毒性调控因子Rot的结构生物学研究
第1章 综述:转录因子Rot的背景介绍
第2章 实验材料和方法
A2.1 克隆,纯化和表达
A2.2 结晶,数据收集和结构解析
第3章 实验结果和讨论
A3.1 金黄色葡萄球菌Rot的结构
A3.2 金黄色葡萄球菌Rot奇特的二体作用界面
A3.3 展望与小结
附录 涉及的参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果
本文编号：3033762
本文链接：https://www.wllwen.com/xiyixuelunwen/3033762.html
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