刚地弓形虫表面抗原糖蛋白相关序列SRS47D的生物信息学分析

发布时间：2021-03-20 07:55

　　目的预测刚地弓形虫表面抗原糖蛋白相关序列（Toxoplasma gondii surface antigen glycoprotein 1-related sequences）SRS47D的结构、修饰位点和免疫原性。方法利用在线软件ProtParam、ProtScale、SignalP分别预测SRS47D的理化参数、亲/疏水性、信号肽;利用SOPMA、ESPriit 3.0、Bcepred预测SRS47D蛋白的二级结构及表面可极性,利用COLIS、TMHMM预测其卷曲螺旋和跨膜结构域;利用KinasePhos、NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc、和NetPhos分析其修饰位点;利用SWISS-MODEL、VAST预测其三级结构及其与SAG1三级结构的差异,利用ABCpred和Syfpeithi预测其B、T细胞表位。结果 SRS47D蛋白含有376个氨基酸残基,分子式为C₁₇₄₅H₂₇₉₇N₄₆₉O₅₈₇S₁₇,相对分子质量约为40×10³... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019,14(10)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

图１ＳＲＳ４７Ｄ亲、疏水性分析

位和３４６位氨基酸残基；有３个Ａｕｒｏｒａ相关激酶（ａｕｒｏｒａ－ｒｅｌａｔｅｄｋｉｎａｓｅ，Ａｕｒｏ－ｒａ）的磷酸激酶位点；其余２０个均为共济失调症突变蛋白（ａｔａｘｉａｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｓｉａｍｕｔａｔｅｄ，ＡＴＭ）磷酸激酶位点。注：Ｘ轴为ＳＲＳ４７Ｄ蛋白序列前７０个氨基酸残基；Ｙ轴为计分（ｓｃｏｒｅ）；Ｃ值表示剪切位点的计分，用红色标示；Ｓ值为信号肽计分，用绿色显示；Ｙ值是基于Ｓ值和Ｃ值的综合计分值，用蓝色表示。图２蛋白信号肽分析Ｎｏｔｅ：ＴｈｅＸ－ａｘｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｎｔｈｅｆｉｒｓｔ７０ｐｏｓｉｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅＳＲＳ４７Ｄｓｅｑｕｅｎｃｅ．ＴｈｅＹａｘｉｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｖａｌｕｅｓｃｏｒｅ．Ｃｖａｌｕｅｉｎｄｉｃａ－ｔｅｄｔｈｅｓｃｏｒｅｓｏｆｔｈｅｓｈｅａｒｉｎｇｓｉｔｅ，ｍａｒｋｅｄｉｎｒｅｄ．Ｓｖａｌｕｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅｓｃｏｒｅｓ，ｗｈｉｃｈｗｅｒｅｄｉｓｐｌａｙｅｄｉｎｇｒｅｅｎ．ＴｈｅＹｖａｌｕｅｗｅｒｅｃｏｍ－ｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｓｃｏｒｅｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅＳｖａｌｕｅａｎｄｔｈｅＣｖａｌｕｅ，ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｂｌｕｅ．Ｆｉｇ．２ＰｒｏｔｅｉｎｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅａｎａｌｙｓｉｓＯ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位点分析，当给定阈值大于９０％时，预测在１７３位和３４６位丝氨酸残基位点存在Ｏ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位点。当给定阈值大于９０％时，预测显示无Ｎ－ＧｌｃＮＡｃ、Ｃ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位点。磷酸化修饰位点分析，当给定阈

基。有９个抗原倾向位点（临界值为１．８），分别位于５５－５８、６７－６８、１３６－１３７、１４８－１５３、１５５－１５６、２０８－２０９、２８６－２９２、３１１－３１８、３６７－３７２氨基酸残基。注：严格保守的氨基酸残基用红色背景白色字母表示；部分保守的氨基酸残基被框起来；形成二硫键的Ｃｙｓ残基在比对序列中由绿色数字表示。Ｄ１和Ｄ２结构域中的β－链用水平箭头表示。ＳＡＧ１序列之上的二级结构元件来自ＳＡＧ１晶体结构（ＰＤＢ１ＫＺＱ）。图４ＳＲＳ４７Ｄ和ＳＲＳ／ＳＡＧ超家族其它蛋白氨基酸序列比对Ｎｏｔｅ：Ｓｔｒｉｃｔｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｓｈｏｗｅｄｗｉｔｈｗｈｉｔｅｌｅｔｔｅｒｓｏｎａｒｅｄｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ．Ｐａｒｔｉａｌｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｂｏｘｅｄ．Ｔｈｅｄｉｓｕｌｐｈｉｄｅｂｏｎｄ－ｆｏｒｍｉｎｇＣｙｓｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｂｙｇｒｅｅｎｎｕｍｂｅｒｓｕｎｄｅｒｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ．Ｔｈｅβ－ｓｔｒａｎｄｓｉｎｔｈｅＤ１ａｎｄＤ２ｄｏｍａｉｎｓｗｅｒｅｉｎｄｉｃａｔｅｄｂｙｈｏｒｉ－ｚｏｎｔａｌａｒｒｏｗｓ．ＴｈｅｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｅｌｅｍｅｎｔｓｉｎｄｉｃａｔｉｎｇａｂｏｖｅｔｈｅＳＡＧ１ｓｅｑｕｅｎｃｅｗｅｒｅｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｔｈｅＳＡＧ１ｃｒｙｓｔａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（ＰＤＢ１ＫＺＱ）．Ｆｉｇ．４ＡｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｏｆＳＲＳ４７ＤａｎｄｏｔｈｅｒｐｒｏｔｅｉｎｓｏｆＳＲＳ４７Ｄ／ＳＡＧｓｕｐｅｒｆａｍｉｌ

【参考文献】：
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本文编号：3090636