中国产志贺毒素大肠杆菌（STEC）O157:H7的单核苷酸多态性（SNP）分型研究

发布时间：2021-03-19 07:11

　　产志贺毒素大肠杆菌（Shiga toxin-producing Escherichia coli, STEC）O157:H7是一类重要的人畜共患病病原,可引起人水样腹泻、出血性肠炎以及溶血性尿毒综合征等。单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms, SNPs）分析是近年来用于揭示0157：H7群体基因组水平多样性、流行病学关系以及详细了解0157：H7演化过程的一种基因分型方法。我们对于中国0157：H7菌株之间以及中国菌株与其他国家菌株之间的遗传关系所知甚少。本研究采用了Manning等人以及Clawson等人建立的SNPs分型体系,共计64个SNP位点,将中国325株STECO157:H7菌株分为5个SNP基因型（SG-1～SG-5）。最常见的基因型为SG-5型（79.69%）及SG-1型（14.46%）。从患者分离的菌株集中在SG-1型及SG-5型,仅一株存在于SG-3型中。47株SG-1型菌株,通过Xuzhou21基因组特异SNPs位点可分为两个亚型（SG-1.1和SG-1.2）。SG-1.1型菌株是导致1999苏皖疫情相关菌株。1999年H... 

【文章来源】：中国疾病预防控制中心北京市

【文章页数】：133 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

中国0157:H7菌株的宿主和分离年代分布特点注：A图：菌株地区分布；B图：来源分布；C图：分离时间，图中标注了菌株数和百分比，百分比小于1%的未标注数字

中国疾病预防控制中心博士学位论文结 果1.中国菌株SNP基因型分析本研究采用Manning等人及Clawson等人设计分型体系的[22，27]各32个SNPs位点的分型体系共计64个SNPs位点，分析中国的325株0157:H7菌株。采用己经发表的Sakai，EDL933, EC4115, TW14359和Xuzhou21菌株的全基因组序列作为参考序列。使用64个SNPs位点，可以将中国的325株0157:H7菌株分为5个基因型（SG-l~SG-5)。其中54个SNP位点在所有测试菌株中没有差别，仅有10个SNPs位点表现出差异。使用其中3个SNPs位点，即可区分5个SG型（图2)。

图3.基于Manning和Clawson建立的SNP分型体系分析中国STEC 0157:H7 菌株注：各个基因型别用$同颜色椭圆标示，绿色字体标示参考菌株，蓝色字体标示中国菌株各基因型别代表菌株号G及菌株数量，图3B中括号内：（人源菌株比例/牛源菌株比例）2. PFGE 和 MLST 分型在325株中国STEC 0157:H7菌株中，我们对136株进行了 MLST分型，对305株进行了 PFGE分型（Tablel)。根据15个等位基因的MLST分型体系，可将136株菌株分为4个ST型别，ST%，ST97, ST23, ST24。其中13个等位基因相同，仅存在两个等位基因、3个SNPs位点的差异（如表7)。ST96为我国新发现的ST型别，新的等位基因型clpXYl clpXMA与dpja仅有一个SNP30

【参考文献】：
期刊论文
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[2]猪源分离大肠埃希菌产ESBLs的基因型及耐药性分析[J]. 刘雅妮,商军,郭士博.  中国兽药杂志. 2011(09)
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本文编号：3089185