一株红霉素耐药百日咳鲍特菌的完整基因组分析

发布时间：2021-04-09 16:51

　　目的明确国内一株红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109的全基因组序列,了解其基因特征。方法对一株抗原基因型为ptxA1/ptxC1/ptxP1/prn1/fim2-1/fim3-1/tcfA2的临床分离红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109采用了二代和三代高通量测序技术进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与包含我国疫苗株CS、国外疫苗株Tohama I,以及国外发表临床分离的共15株菌的完整基因组序列进行全基因组比较分析。结果 P2013109的完整基因组序列总长度4 126 010 bp,GC含量为67.72%,预测基因有4 085个。该基因组的所有拷贝23s r RNA基因均显示A2047G突变。相比P2013109,其他15株菌主要存在3个比较大的缺失区域。另外,将P2013109与其他16株进行系统发育树分析,显示全部菌株分成3个遗传分支。Tohama I和CS这两个疫苗株归类为Ⅰ型,它们与其他2个型别相比较呈现76个SNPs。P2013109独立为Ⅱ型,与其他菌株的进化关系相对较远,相比较其他菌株呈现25个SNPs。国外菌株为Ⅲ型,与其他菌株相比呈现2... 

【文章来源】：分子诊断与治疗杂志. 2020,12(02)

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【部分图文】：

P2013109与其他15株菌的全基因组比较结果

图1 P2013109与其他15株菌的全基因组比较结果近期，广东李柏生等[8]对广东分离到的1株百日咳鲍特菌BP-GD2017进行全基因组分析报道，该菌株的基因组草图序列数据纳入基因组比较分析发现，该菌株处于国外菌株分支Ⅲ中（见图3），它们的抗原基因型也完全相同，为ptxA1/ptxP3。P2013109独属一支，抗原基因型为ptxA1/ptxP1。课题组前期检测了99株百日咳鲍特菌的疫苗相关基因型，ptxA1/ptxP1占91.9%(91/99)[3]。这些数据明确提示长期疫苗使用之后，百日咳致病菌株百日咳毒素相关基因型发生了明显变化，与既往研究报告[12-13]相符。提示近年来流行的百日咳菌株的基因改变除了疫苗压力造成相关抗原性发生适应进化，也有可能在进化分支上出现改变。本课题组前期研究表明，临床分离菌株耐药株抗原基因型均为ptxA1/ptxP1，而基因型ptxA1/ptxP3的分离株全部对红霉素敏感，这提示国内外临床分离菌株耐药性的差异，与流行菌株的遗传背景不同相关。

【参考文献】：
期刊论文
[1]广东省1株百日咳鲍特菌分离株的全基因组测序分析[J]. 李柏生,刘美真,宋铁,梁景涛,柯碧霞,谭海玲,何冬梅,梁宇恒,柯昌文,张永慧.  华南预防医学. 2018(04)
[2]百日咳杆菌耐药[J]. 杨永弘,杨颖.  中华实用儿科临床杂志. 2016 (04)



本文编号：3127977