人microRNA-200家族靶基因预测及生物信息学分析

发布时间：2021-06-02 20:30

　　目的对microRNA-200（miR-200）家族成员的靶基因进行预测和生物信息学分析,为进一步探讨miR-200家族的功能及其调节机制提供证据。方法运用靶基因预测软件TargetScan、PicTar2和miRanda分别预测miR-200家族9个成员的靶基因,再分别取各自在三个软件下预测所得靶基因的交集,然后利用miRTarbase数据库获取这9个miRNA经过至少3种实验验证并且靶向关系类型为具有功能的miRNA-靶基因互作的靶基因,将软件预测所得结果与靶向关系预测结果取并集,作为所纳入每个miRNA的靶基因集合,然后分别对靶基因集合进行生物学过程的功能富集,信号通路及蛋白质互作网络分析。结果 miR-200家族的预测靶基因富集于多个生物学过程,其生物学过程主要富集于:RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控、DNA模板转录负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控等;信号通路主要富集于:肿瘤、胶质瘤、黑色素瘤、肺小细胞癌等多种肿瘤和EB病毒感染、乙型肝炎等感染相关通路,蛋白质互作网络显示9个成员的预测靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,靶基因编码蛋白质"RAC1"、"SRC"、"RHO... 

【文章来源】：西部医学. 2020,32(01)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

miR-200家族预测靶基因的通路富集分析结果

miR-200家族的靶基因编码蛋白互作图

miR-200家族预测靶基因的功能富集分析结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]生物信息学研究进展[J]. 李洪东,朱晓姝,王建新.  玉林师范学院学报. 2018(05)
[2]MicroRNA在心血管疾病中的研究进展[J]. 赵雷,关添允,赵佳怡,李智博.  中国实验诊断学. 2018(09)
[3]MicroRNA-200家族在中枢神经系统中的作用及其研究进展[J]. 胡小彤,张兵.  卒中与神经疾病. 2018(02)
[4]microRNA与炎症因子之间调控的研究进展[J]. 乔芳,郭璞,刘相莲,黄德玉,戴梦红,程古月,郝海红,王旭,袁宗辉.  生理科学进展. 2018(02)



本文编号：3210702