麦氏弧菌多位点序列分型方法的建立与应用
发布时间：2021-06-26 02:31
目的建立针对麦氏弧菌的多位点序列分型（MLST）方法,评价该方法的分型效果,并对收集的麦氏弧菌进行MLST分析。方法筛选出7个管家基因（ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA）,设计特异引物,在17株麦氏弧菌中PCR扩增管家基因序列。用DnaSP 6.12.03软件和Split tree 4.0软件评价基因多态性、中性进化和基因重组情况;根据7个管家基因的序列差异获得对应的序列分型（ST）型别,用BioNumerics 7.1软件对不同ST型别构建最小生成树和聚类图,并用eBURST 3.0软件计算克隆复合体（CCs）。结果所选的管家基因具有足够多的等位基因位点、序列差异和足够高的分辨率;7个管家基因的Split tree对所有麦氏弧菌的聚类一致;中性试验结果显示,7个管家基因在进化过程中受遗传漂变的影响较小。MLST将17株麦氏弧菌分成14个ST型别,大多数菌株（64.70%）均单独形成一个ST型别,其中ST007形成了可能的优势克隆群。这些菌株之间存在相对较远的遗传距离,在垂直传播上呈现出潜在的地域聚集性。结论本研究建立的麦氏弧菌的MLST方法能分析麦...
【文章来源】：疾病监测. 2020,35(01)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
17株麦氏弧菌最小生成树注：每个圆圈代表一种ST型别，圆圈的大小代表包含有的菌株数量多少，实线表示ST型别相差1个或2个等位基因，虚线则表示ST型别存在≥3个等位基因差异
??型数多态性位点分离数多态性位点突变率（%）核苷酸多态性（Pi值）Ka/KsaftsZ82368648.419405.980.01760.0655gapA1027876～87745.8011475.710.016613.2041mreB1094929～93048.091012314.210.0390gyrB997834～83546.02108410.310.0302purM73466348.451213221.330.0410recA53837845.959308.990.0222ropA92278746.226121.520.00430.0001注：a.非同义平均突变频率（Ka）与同义平均突变频率（Ks）的比值；.无数据注：采用Jukes-Cantor模型构建管家基因系统发育进化网络图图17个管家基因Splittree进化树Figure1Splittreeevolutionaryanalysisof7housekeepinggenes疾病监测2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.177www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017
多态性，是等位基因上特定位点上的基因序列存在差异，这些差异往往由于自然状态下的中性进化和受表4建立MLST分型法的基因中性试验分析Table4AnalysisongeneneutralitytestsforMLSTestablishment管家基因Tajima"sDFuandLi"sDFuandLi"sFftsZ0.015931.40964a1.15805gapA0.067230.721230.57242mreB0.309160.820440.57137gyrB0.047320.960220.77508purM1.496511.171811.46820recA0.674060.105690.13626ropA0.145661.072710.84378注：a.差异有统计学意义（P＜0.05）图217株麦氏弧菌ST型别分析Figure2AnalysisofSTsin17V.metschnikoviistrains78疾病监测2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.1www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017
本文编号：3250448
【文章来源】：疾病监测. 2020,35(01)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
17株麦氏弧菌最小生成树注：每个圆圈代表一种ST型别，圆圈的大小代表包含有的菌株数量多少，实线表示ST型别相差1个或2个等位基因，虚线则表示ST型别存在≥3个等位基因差异
??型数多态性位点分离数多态性位点突变率（%）核苷酸多态性（Pi值）Ka/KsaftsZ82368648.419405.980.01760.0655gapA1027876～87745.8011475.710.016613.2041mreB1094929～93048.091012314.210.0390gyrB997834～83546.02108410.310.0302purM73466348.451213221.330.0410recA53837845.959308.990.0222ropA92278746.226121.520.00430.0001注：a.非同义平均突变频率（Ka）与同义平均突变频率（Ks）的比值；.无数据注：采用Jukes-Cantor模型构建管家基因系统发育进化网络图图17个管家基因Splittree进化树Figure1Splittreeevolutionaryanalysisof7housekeepinggenes疾病监测2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.177www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017
多态性，是等位基因上特定位点上的基因序列存在差异，这些差异往往由于自然状态下的中性进化和受表4建立MLST分型法的基因中性试验分析Table4AnalysisongeneneutralitytestsforMLSTestablishment管家基因Tajima"sDFuandLi"sDFuandLi"sFftsZ0.015931.40964a1.15805gapA0.067230.721230.57242mreB0.309160.820440.57137gyrB0.047320.960220.77508purM1.496511.171811.46820recA0.674060.105690.13626ropA0.145661.072710.84378注：a.差异有统计学意义（P＜0.05）图217株麦氏弧菌ST型别分析Figure2AnalysisofSTsin17V.metschnikoviistrains78疾病监测2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.1www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017
本文编号：3250448
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