黑龙江立克次体基因组与感染小鼠转录组研究

发布时间：2022-05-08 14:14

　　黑龙江立克次体是我国学者首次分离的新立克次体病原体,属于立克次体属斑点热群立克次体,是远东斑点热的病原体。为了获得黑龙江立克次体全基因组序列,本研究进行了黑龙江立克次体的全基因组测序并进行了比较基因组和泛基因组研究。通过基因组分析发现,黑龙江立克次体基因组是一个全长1,278,471bp的环状基因组,没有质粒,基因组G+C含量为32.32%,有1,333个基因,其中编码蛋白质的基因1,297个,编码tRNA的基因有33个,编码rRNA的基因3个（5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA各有1个）。进一步分析发现,黑龙江立克次体基因组有121个假基因和54个插入序列,还有39个串联重复序列和318个简单正向和反向重复序列。黑龙江立克次体基因组包含16个编码Ⅳ型分泌系统蛋白的基因。通过软件分析发现预测蛋白中有37个蛋白具有β-桶结构域,其中的8个已经被之前的实验证明是外膜蛋白。将预测蛋白与毒力因子数据库比对发现黑龙江立克次体有266个潜在的与毒力有关的蛋白。经耐药基因分析发现,黑龙江立克次体基因组中有7个序列与抗生素抗性基因有较高同源性。黑龙江立克次体基因组上有一个基因组岛,由7... 

【文章页数】：115 页

【学位级别】：博士

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目录
缩略词表
摘要
Abstract
前言
第一章 黑龙江立克次体基因组研究
    1. 材料
    2. 方法
        2.1 基因组测序样品制备
        2.2 高通量测序
        2.3 基因组草图的绘制
        2.4 基因组完成图绘制
        2.5 基因组注释
        2.6 基因组基本特征分析
        2.7 比较基因组研究
        2.8 泛基因组分析
    3. 结果
        3.1 基因组测序样品质量分析
        3.2 基因组草图
        3.3 基因组完成图
        3.4 基因组基本特征
        3.5 比较基因组分析结果
        3.6 泛基因组分析结果
        3.7 基于泛基因组的立克次体系统进化分析
    4. 讨论
    5. 结论
第二章 黑龙江立克次体感染小鼠脾脏转录组研究
    1. 材料
        1.1 菌株和小鼠
        1.2 主要试剂和仪器
    2. 方法
        2.1 测序材料准备
        2.2 病理学检查
        2.3 高通量测序
        2.4 mRNA和1ncRNA分析
        2.5 miRNA分析
    3. 结果
        3.1 RNA质量检测结果
        3.2 病理学检查结果
        3.3 mRNA和1ncRNA分析
        3.4 miRNA分析
    4. 讨论
        4.1 mRNA的转录差异分析
        4.2 1ncRNA的转录差异分析
        4.3 miRNA的转录差异分析
    5. 结论
参考文献
附录
    附表1. 黑龙江立克次体基因组中的假基因
    附表2. 15种立克次体的Ⅳ分泌系统蛋白组成表
    附表3. 黑龙江立克次体含有β-桶结构域的蛋白
    附表4. 原始reads数目及回贴比例
    附表5. miRNA原始reads数目及回贴比例
    附图1. 感染小鼠器官病理分析
综述
    参考文献
个人简历
致谢



本文编号：3651804