L02/HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究

发布时间：2022-09-30 20:28

　　目的研究L02/HBx细胞与L02/pcDNA3.0细胞的长链非编码RNA（lncRNA）表达谱,对差异基因进行初步生物信息学分析。 方法选取实验组L02/HBx,对照组转染空质粒的L02细胞（L02/pcDNA3.0）作为实验对象,分别提取两组细胞的总RNA并纯化,检验RNA质量,反转录得到cDNA,并合成生物素标记的cRNA探针。利用lncRNA芯片技术检测两组的lncRNAs和mRNAs表达谱的差异,经过对原始数据进行预处理、均一化后,筛选出差异表达的lncRNAs和mRNAs,进行统计学分析。分别选取上调的lncRNA4个：TCONS₀0006195, ENST00000557524, NR₀37597, ENST00000539975,下调的lncRNA3个：ENST00000508424, ENST00000447433, uc0011va.4,采用SYBRGREEN I实时荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）在两细胞株中验证,并用GAPDH做内参。综合NCBI RefSeq, UCSC, RNAdb, lncRNAs等数据... 

【文章页数】：76 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
符号说明
前言
第一部分 L02/HBx细胞的lncRNA芯片结果分析
    1 材料及方法
        1.1 实验对象
        1.2 仪器
        1.3 试剂
        1.4 实验方法和技术
    2 实验结果
        2.1 RNA质量控制
        2.2 lncRNA芯片结果
    3 讨论
    4 小结
第二部分 L02/HBx细胞与L02/pcDNA3.0细胞差异表达lncRNA的实时荧光定量PCR验证
    1 材料和方法
    2 实验结果
    3 讨论
    4 小结
第三部分 L02/HBx与L02/pcDNA3.0差异表达基因的初步生物信息学研究
    1 材料和方法
    2 实验结果
        2.1 差异表达基因在基因本体论三个功能方面的富集表达谱
        2.2 差异表达mRNA数据KEGG生物学通路分析
    3 讨论
    4 结论
参考文献
附录
综述
    参考文献
攻读学位期间主要的研究成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA H19促进肝癌细胞增殖和侵袭[J]. 熊伟民,李明峰,宋佳鸿,岳海燕,席素娟,李朝燕.  现代生物医学进展. 2013(10)
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本文编号：3684224