大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA调控网络研究

发布时间：2024-03-19 22:48

　　目的构建大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)调控网络,筛选血管新生内膜形成中的关键调控基因。方法首先建立大鼠颈动脉球囊损伤模型。将12只SD大鼠随机分为2组(每组6只):手术组,利用2F取栓球囊于左颈总动脉行球囊损伤术;假手术组:夹闭左颈总动脉,使血流阻断时间接近球囊损伤术操作时间。术后14 d取颈总动脉血管组织,提取总RNA,进行长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA, mRNA)测序。应用生物信息学方法进行差异表达lncRNA和mRNA共表达分析、基因功能(Gene Ontology, GO)和信号通路(Pathway)分析;通过数据库预测微小RNA(microRNA, miRNA)与lncRNA及mRNA的结合关系,并从中筛选已报道在大鼠血管内膜增生过程中有生物学功能的miRNA相关的结合关系,得到最终的ceRNA网络。结果与假手术组相比,手术组鉴定出1731个差异表达的mRNAs和99个差异表达的lncRNAs;GO和Pathway...

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【部分图文】：

图1ceRNA网络分析流程示意图

ceRNA网络构建如图1所示。通过差异基因的GO和pathway分析结果中筛选P<0.01和Padjust<0.01的通路所包含的mRNA，随后，用R3.5.3计算mRNA与差异表达lncRNA之间的共表达关系，筛选条件为P<0.0005，皮尔森相关系数r>0.95，将筛选出的m....

图2大鼠球囊损伤颈动脉HE染色和I/M值

GO分析分别从BP、MF和CC三个层次注释差异表达mRNA的功能，差异基因显著性功能按照-LgP值排序，分3类展示排序的前10项（图4A）。结果显示，在BP中，差异显著的生物过程集中在免疫反应和细胞迁移等过程中。在MF中，差异显著的细胞功能集中在细胞因子激活及整合素结合等过程中....

图3大鼠颈动脉球囊损伤模型差异表达mRNA、lncRNA聚类图及火山图

图2大鼠球囊损伤颈动脉HE染色和I/M值根据KEGG分析中差异信号通路的P值和所包含的差异基因数量构建显著性差异基因通路的气泡图，按照-LgP值排序，展示显著差异通路排序的前30项（图4B）。结果显示，差异基因主要富集在细胞因子受体、细胞粘附和趋化因子募集等通路中。内皮细胞与....

图4差异表达的mRNA的GO分析和Pathway分析

根据KEGG分析中差异信号通路的P值和所包含的差异基因数量构建显著性差异基因通路的气泡图，按照-LgP值排序，展示显著差异通路排序的前30项（图4B）。结果显示，差异基因主要富集在细胞因子受体、细胞粘附和趋化因子募集等通路中。内皮细胞与单核细胞的粘附导致内皮功能受损，与AS的发....

本文编号：3932643