乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白的优势氨基酸序列与热点突变位点的生物信息学分析

发布时间：2017-05-29 11:12

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【摘要】：乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关。为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13 950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7 126条。通过分析这7 126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸。154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列。突变率10.0%的热点突变位点有32个。其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种(突变率1.0%)以上突变形式,具有较高的多态性。与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%。通过7 126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列(2条与优势序列同源性75%,48条同源性为76%~99%),与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树。结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致。本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础。
【作者单位】： 复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室;太仓市第一人民医院感染科;上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔预防科;
【关键词】： 乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白 热点突变 优势序列
【基金】：国家重点基础研究发展计划(2012CB519002)
【分类号】：R373.21
【正文快照】： 乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染引起的慢性肝炎、肝硬化(liver cirrhosis,LC)和肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是全球性的公共卫生威胁,给患者尤其是发展中国家的患者带来沉重负担[1]。HBV X蛋白(HBV X protein,HBx)全长154个氨基酸,对HBV的感染和复制极为重要

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