肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点

发布时间：2017-06-04 03:12

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【摘要】：目的分析肠致病性大肠埃希菌(EPEC)致病岛(PAIs)基因进化特点。方法 EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域(LEE)和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果 EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组(染色体)序列大小为5 025 482 bp(GC含量为50.52%),质粒序列大小为207 564 bp(GC含量为49.50%)。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC-1和O26∶H413/89-1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素(eae)及其受体(tir)多态性丰富,π值均0.10,Ⅲ型分泌系统(TTSS)分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。
【作者单位】： 广东医学院附属深圳市南山区人民医院深圳市内源性感染诊治重点实验室;
【关键词】： 肠致病性大肠埃希菌 高通量测序 全基因组序列 致病岛 核心基因 同源性
【基金】：国家自然科学基金(81170370/H0312) 深圳市科创委项目(JCYJ20130402151227180) 深圳市卫人委项目(201203203;201203211;201302199;201303186;201401083;201401084;201402130;201402131;201402133) 深圳市医学重点学科经费资助
【分类号】：R378
【正文快照】： [Chin J Infect Control,2016,15(1):1-9]大肠埃希菌是目前肠道最常见的致病菌之一,而肠致病性大肠埃希菌(enteropathogenic Esche-richia coli,EPEC)是引起全球婴幼儿腹泻和成人散发性腹泻的重要病原菌之一[1-4],目前未见我国EPEC全基因序列及基因结构特点的分析报道。近年,

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本文编号：419867