流感病毒组成蛋白质序列的分析与预测

发布时间：2017-07-26 07:34

  本文关键词：流感病毒组成蛋白质序列的分析与预测

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【摘要】：在NCBI数据库中获得1902—2013年关于流感病毒10种组成蛋白的所有氨基酸序列,在MATLAB中采用大数据编程分析,结合详细的HP模型,并基于CGR-WALK模型的方法将全部流感病毒蛋白质序列转化为数据形式,引入时间序列ARFIMA(p,d,q)模型来拟合所有序列,分析10种组成蛋白的序列在近80年的变化趋势,并对其未来10年的发展趋势进行预测.通过分析可以发现,其对流感病毒变异趋势的预测有很好的效果,这为基于大数据分析流感病毒蛋白质序列,预测流感病毒的爆发提供一定的的研究参考价值.
【作者单位】： 江南大学理学院;
【关键词】： 流感病毒 蛋白质序列 详细HP模型 CGR-WALK模型 ARFIMA(p d q)模型
【基金】：国家自然科学基金项目(11271163) 中央高校基本科研业务费专项资金项目(JUSRP21117)
【分类号】：R373.13
【正文快照】： 流感病毒为负向单链RNA病毒[1],自身具有很强的变异性,历史上多次流感大流行都是由其新的亚型和以往出现过的亚型经过变异再次出现,人类由于缺乏对其的免疫力而导致流感病毒在人群中快速传播。目前对流感病毒蛋白质序列的研究上,刘娟等用时间序列模型识别,预测流感病毒的DNA序

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 刘娟;高洁;;甲型H1N1流感病毒DNA序列碱基的预测[J];生物信息学;2011年03期

2 刘娟;高洁;;乙型、丙型流感病毒的长记忆ARFIMA模型[J];生物信息学;2011年02期

3 刘娟;高洁;;甲型流感病毒DNA序列的长记忆ARFIMA模型[J];物理学报;2011年04期

4 高洁;徐振源;;Chaos game representation(CGR)-walk model for DNA sequences[J];Chinese Physics B;2009年01期

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 刘娟;基于时间序列理论方法的流感病毒DNA序列特征分析[D];江南大学;2011年

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前7条

1 靳佩轩;高洁;;流感病毒组成蛋白质序列的分析与预测[J];食品与生物技术学报;2016年04期

2 张玲;高洁;靳佩轩;;流感大爆发的多重早期预警信号[J];生物数学学报;2015年02期

3 杨德玉;;痰热清注射液联合西药治疗病毒流感随机平行对照研究[J];实用中医内科杂志;2014年10期

4 张玲;高洁;;甲型流感病毒HA蛋白质序列的预测[J];食品与生物技术学报;2013年08期

5 吴静;丁勇;刘成友;;甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测[J];南京医科大学学报(自然科学版);2013年01期

6 张玲;高洁;;甲型流感病毒蛋白质序列的长记忆模型[J];江南大学学报(自然科学版);2012年06期

7 张玲;高洁;;甲型H1N1流感病毒蛋白质序列的预测[J];生物技术;2012年06期

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 靳佩轩;甲型流感病毒蛋白质空间结构预测[D];江南大学;2014年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 娄海容;;甲流(H1N1)的病原、诊断、治疗和预防[J];现代医院;2009年09期

2 陈继明;孙映雪;刘朔;蒋文明;陈杰;侯广宇;李金平;;2009年新甲型H1N1流感病毒的来源和去向分析[J];科学通报;2009年12期

3 匡治州;郑丽舒;段招军;漆正宇;瞿小旺;刘文培;张万菊;李丹地;高寒春;侯云德;;流感病毒神经氨酸酶广谱抑制多肽的筛选研究[J];病毒学报;2007年03期

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 王发生,罗敏;在网络上作蛋白质序列分析[J];生命的化学;2001年01期

2 管维红;张立婷;徐振源;朱平;;蛋白质序列混沌特性的研究[J];生物信息学;2008年04期

3 管维红;徐振源;朱平;;用非线性预测方法研究蛋白质序列的特性(Ⅰ)[J];食品与生物技术学报;2008年01期

4 肖绚;邵世煌;;一种新颖的蛋白质序列可视化模型[J];计算机工程;2008年03期

5 管维红;徐振源;朱平;;用非线性预测方法研究蛋白质序列的特性(Ⅱ)[J];食品与生物技术学报;2008年02期

6 马影;于晓庆;周杨;杨柳;李春;;蛋白质序列的一类新的二维图形表示及其应用[J];宜春学院学报;2008年04期

7 李丹丹;王俊;李春;;蛋白质序列的一种新的三维图形表示及其应用[J];生物信息学;2009年01期

8 汤丽华;;基于小波分析的蛋白质序列分形研究[J];科技信息;2009年33期

9 肖前军;周金玉;邓总纲;;蛋白质序列混沌游戏表示模拟效果的优化[J];汕头大学学报(自然科学版);2010年01期

10 赵静静;齐斌;王寒冰;唐旭清;;基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析[J];计算机工程与应用;2011年07期

中国重要会议论文全文数据库 前4条

1 光宣敏;郭延芝;李梦龙;汪夏;;支持向量机预测蛋白质序列中胱氨酸氧化还原态[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年

2 李通化;孙江明;李大鹏;唐胜男;丛培盛;;从蛋白质序列到结构和功能[A];第十一届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集[C];2011年

3 肖奕;;蛋白质序列的对称性[A];第十次中国生物物理学术大会论文摘要集[C];2006年

4 陈文理;庞小峰;;LC／MS技术在蛋白质序列检测上的应用[A];第十次中国生物物理学术大会论文摘要集[C];2006年

中国重要报纸全文数据库 前1条

1 荐文;专利保护什么[N];医药经济报;2001年

中国博士学位论文全文数据库 前9条

1 徐海松;蛋白质序列中的折叠和去折叠信息[D];北京工业大学;2011年

2 林卫中;蛋白质序列离散灰色模型及其在药物开发中的应用研究[D];东华大学;2013年

3 吴自凯;信息度量的蛋白质序列、结构、质谱数据研究[D];大连理工大学;2007年

4 王栋;蛋白质序列的并行分类方法研究[D];天津大学;2010年

5 李明锋;结构对称蛋白质性质研究[D];华中科技大学;2008年

6 杨凡;生物序列分析中若干问题的研究[D];电子科技大学;2011年

7 王彤;高维生物数据的分类与预测研究[D];上海交通大学;2009年

8 刘亮伟;木聚糖酶蛋白质序列分析、分子进化和分子模拟[D];江南大学;2005年

9 余宏杰;生物序列特征信息提取方法及其应用[D];中国科学技术大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 许时超;蛋白质序列一级结构图形构造及相似性分析[D];浙江理工大学;2015年

2 王绍鹏;蛋白质—核酸相互作用位点预测新方法研究[D];兰州大学;2015年

3 吴海燕;基于图能量的蛋白质图形表示及应用研究[D];山东大学;2015年

4 彭辉;蛋白质序列的图形化表示及其应用的研究[D];湘潭大学;2015年

5 张艳萍;蛋白质序列的数学描述及其应用[D];浙江理工大学;2010年

6 李明锋;蛋白质序列和结构关系研究[D];华中科技大学;2005年

7 张X;基于粒度下的蛋白质序列的分析[D];江南大学;2011年

8 钱盼盼;蛋白质序列新的表示方法[D];山东大学;2011年

9 孔芬;蛋白质序列相似性分析的几种数学方法[D];浙江理工大学;2013年

10 张羊;基于谱的蛋白质序列比对方法研究[D];西安电子科技大学;2009年

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本文编号：575322