H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树

发布时间：2017-07-27 00:01

  本文关键词：H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树

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【摘要】：为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法构建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的进化树及算法研究。试验结果表明:H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,且分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。因此这种基于大数据处理的新方法能有效揭示流感病毒的进化关系,为进一步研究流感病毒的变异、进化与预测奠定了基础。
【作者单位】： 江南大学理学院;
【关键词】： HN病毒 HA蛋白序列 NA蛋白序列 模糊邻近关系 结构聚类 进化树
【基金】：国家自然科学基金项目(11371174) 中央高校基本科研业务费专项(JUSRP51317B)
【分类号】：R373.13
【正文快照】： 自2009年全球出现了可以直接感染人的流感病毒H1N1后,流感对人类的威胁已经不可忽视[1]。流感病毒是一种单负链的RNA病毒,有8个负链的RNA单链片段组成。这8个片段共编码10种病毒蛋白质,即结构蛋白质(HA、NA、NP、M1、M2、PBl、PB2、PA)和非结构蛋白质(NSl、NS2)。依据位于病毒

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本文编号：578910