组织中少量细胞的微卫星长度精细分析

发布时间：2017-09-02 06:35

  本文关键词：组织中少量细胞的微卫星长度精细分析

  更多相关文章： 基于多次退火环状循环扩增(MALBAC) 全基因组放大 肠上皮化生 微卫星 激光显微切割

【摘要】：微卫星是基因组上的特殊短重复序列,微卫星不稳定的程度与一些肿瘤的分型、治疗和预后相关。目前,微卫星长度变化的检测往往是基于大量细胞,检测灵敏度低。本文整合激光显微切割技术,基于多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles,MALBAC)的单细胞全基因组放大技术和毛细管电泳长度测量方法,经过关键技术点的改进,建立了一套针对组织中少量细胞的多微卫星位点检测方法。研究结果表明,基于技术改进,HE染色的组织细胞经激光显微切割分选后,可成功用MALBAC技术进行全基因组放大,并在多微卫星位点的检测上,获得了高度的准确性和重复性。利用所建立的方法,发现肠型胃癌早期病变组织-肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)的单个腺体内部出现多种长度变化的微卫星改变,说明该癌前病变组织中DNA错配修复系统已经出现问题。本方法所获得的全基因组放大产物,也可以用于外显子组测序和全基因组测序。另外,该方法适用于任何组织的少量细胞,甚至单细胞的多微卫星位点检测,以及全基因组的研究,为精细研究少量病变细胞的基因组特征以及组织异质性提供了有效的方法。
【作者单位】： 上海交通大学系统生物医学研究院系统生物医学教育部重点实验室;上海交通大学生物医学工程学院;上海交通大学医学院附属瑞金医院上海消化外科研究所;
【关键词】： 基于多次退火环状循环扩增(MALBAC) 全基因组放大 肠上皮化生 微卫星 激光显微切割
【基金】：国家自然科学基金委项目(No.91229108和No.91529302)~~
【分类号】：R363
【正文快照】： 微卫星是基因组的特殊短重复序列[1]。正常细胞每次分裂都会出现一定频率的微卫星长度变化,微卫星长度的变化通过细胞内的DNA错配修复基因进行修复[2]。在一些病理条件下,由于DNA错配修复基因存在一定的缺陷,导致出现微卫星长度变化[3,4]。如果这些变化存在于基因的编码区或者

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