柯萨奇病毒A6型VP1蛋白的生物信息学分析

发布时间：2017-09-11 22:46

  本文关键词：柯萨奇病毒A6型VP1蛋白的生物信息学分析

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【摘要】：目的:预测柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)的衣壳蛋白VP1的基本理化性质、结构功能及线性B细胞表位。方法:应用Bioedit软件、Sub Loc、Target P和生物信息学资源门户Ex PASy中的多种在线工具对CVA6 VP1的氨基酸序列进行分析。结果:CVA6 VP1为一亲水性蛋白,其相对分子量为33.6 k D,等电点为7.92,含有24个可能的磷酸化位点,没有信号肽、跨膜区和可能的脂酰化位点;其二级结构中以无规则卷曲居多,有48.52%的氨基酸残基暴露于溶液界面;该分子内存在多个潜在的线性B细胞表位,其中的155~165位氨基酸残基区域的抗原指数最高。结论:成功预测到CVA6 VP1的基本理化性质、结构功能特征及可能的线性B细胞表位,为该蛋白的进一步研究及疫苗和免疫诊断试剂的研制打下基础。
【作者单位】： 桂林医学院第二附属医院检验科;桂林医学院药学院;桂林医学院附属医院儿科;华中科技大学同济医学院免疫学系;
【关键词】： 柯萨奇病毒A组型 VP蛋白 生物学信息 B细胞表位 理化性质
【基金】：国家自然科学基金项目(81460304,81360248) 广西自然科学基金(2015GXNSFDA139020) 广西壮族自治区卫生厅科研课题(Z2014298)
【分类号】：R373.23
【正文快照】： 手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是儿童常见传染病,其病原包括柯萨奇病毒(Cox-sackievirus,CV)、埃柯病毒和新型人肠道病毒(Hu-man enterovirus,HEV)的各部分成员,EV71型和CVA组(CVA)16型为最常见[1,2]。然而,近年其他HEV感染病例有增多趋势[3];CVA6型在多个国家

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