雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

发布时间：2017-09-14 03:32

  本文关键词：雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

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【摘要】：目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。
【作者单位】： 上海交通大学系统生物医学教育部重点实验室;上海交通大学生物医学工程学院Bio-ID研究中心;西北大学生命科学学院;
【关键词】： 雌性生殖干细胞 小鼠胚胎干细胞 全基因组APA谱
【基金】：国家自然科学基金(91019004) 上海中医药大学国家临床研究基地“龙医团队项目”(LYTD-21,JDZX2012123)~~
【分类号】：R329
【正文快照】： 选择性多聚腺苷化(APA)是一类很重要的基因转录后表达调控方式,通过调节转录本3’非翻译区(3’untranslated region,UTR)的长度来影响包括m RNA的稳定性、亚细胞定位和翻译效率等在内的多个生物学过程[1-3]。APA在生物体生长发育和疾病发生发展过程中受到高度有序的调控[4-5]

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1 曹亚南;张燕;刘，

本文编号：847634