人星状病毒临床分离株感染CaCo-2细胞的转录组分析

发布时间：2017-09-21 15:24

  本文关键词：人星状病毒临床分离株感染CaCo-2细胞的转录组分析

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【摘要】：人星状病毒(human astrovirus,HAstV)是引起婴幼儿病毒性腹泻的重要病原之一,但其致病机制及与宿主相互作用的数据非常有限。本研究旨在了解HAstV感染细胞后对宿主基因在转录水平上的影响。首先,利用临床分离HAstV毒株感染CaCo-2细胞,用实时定量反转录-聚合酶链反应(reverse transcriptasepolymerase chain reaction,RT-PCR)检测细胞培养上清液中的病毒总RNA,结果显示接种后9~24h病毒总RNA拷贝数明显增加。然后,利用转录组测序全面比较感染与未感染HAstV的CaCo-2细胞转录本,筛选两者间的差异表达基因;并应用KEGG信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路。结果显示,差异基因富集在两条信号通路上(P0.05),分别为轴突导向通路和Ras信号通路。本研究首次利用深度测序技术分析了HAstV感染对宿主基因在转录水平上的影响,为进一步研究HAstV致病机制等提供了方向。
【作者单位】： 上海市疾病预防控制中心;复旦大学基础医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室;
【关键词】： 人星状病毒 转录组测序 转录组
【基金】：“十二五”国家科技重大专项(2012ZX10004-211-03) 上海市第四轮公共卫生三年行动计划重点学科建设(15GWZK0101)
【分类号】：R373.2
【正文快照】： 人星状病毒(human astrovirus,HAstV)是病毒性腹泻的重要病原之一,可导致急性胃肠炎,主要感染5岁以下婴幼儿,也可感染老人及免疫缺陷患者[1-4]。HAstV主要通过粪-口途径传播,既可引起散发性腹泻,也可引起暴发性腹泻,目前还没有疫苗及有效药物。HAstV是无包膜单股正链RNA病毒,

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本文编号：895345