致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白的预测及其特有模体分析

发布时间：2017-09-23 05:16

  本文关键词：致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白的预测及其特有模体分析

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【摘要】：目的对病原菌Ⅲ型分泌系统(TTSS)效应蛋白在非致病菌中进行直系同源基因预测,以获得病原菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白,并进一步对特有效应蛋白模体构成进行分析,旨在更深入地认识TTSS效应蛋白,为理论研究和生物学实验提供参考。方法利用彼此最佳blast方法对效应蛋白在构建的非致病性细菌蛋白质数据库中进行直系同源基因预测,并利用Inter Pro Scan对预测获得的特有效应蛋白序列进行模体搜索分析。结果在49个收集整理的致病菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白序列中,有18个效应蛋白在非致病菌中存在直系同源基因,31个效应蛋白(即TTSS特有效应蛋白)在非致病菌中没有直系同源基因;对31个Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白序列进行模体分析,获得了12个效应蛋白特有模体。结论 31个致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白序列的获得,为更精确地在致病性细菌基因组内预测获得新的效应蛋白序列奠定了基础;12个效应蛋白特有模体的获得及其基因本体注释分析进一步理解了效应蛋白的作用机制。
【作者单位】： 军事医学科学院卫生学环境医学研究所;
【关键词】： Ⅲ型分泌系统(TTSS) 效应蛋白 模体
【基金】：国家自然科学基金青年项目(No.81402681) 天津市科技支撑计划重点项目(No.12ZCZDSF00900)
【分类号】：R378
【正文快照】： 在细菌性病原体中,Ⅲ型分泌系统(TypeⅢse-cretion system,TTSS)广泛存在于革兰氏阴性致病菌中。通过TTSS,效应蛋白(effector protein)被致病菌注射到真核宿主细胞,它们可以特异性地干扰真核宿主细胞功能,最终导致真核宿主细胞功能的失衡及紊乱〔1-3〕。因此,TTSS效应蛋白在病

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本文编号：903405