重症急性呼吸道感染儿童中人博卡病毒和人腺病毒的分型检测与分析

发布时间：2017-05-01 23:08

  本文关键词：重症急性呼吸道感染儿童中人博卡病毒和人腺病毒的分型检测与分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的：了解重症急性呼吸道感染(SARI)儿童中人博卡病毒(HBoV)和人腺病毒(HAdV)的感染状况,流行病学特征、临床特征及其进化、重组特征。明确其流行株及其分子生物学特征,为相关疾病的防控及人博卡病毒与人腺病毒的分子流行病学研究提供参考。方法：2007年9月至2008年4月,从浙江省温岭医院收集293份重症社区获得性肺炎(CAP)患儿的痰吸液(IS)；2008年5月至2010年3月,从北京儿童医院收集259份重症急性呼吸道感染(SARI)患儿鼻咽抽吸物(NPAs)；以及2013年6月至2014年3月从上海复旦大学附属儿科医院收集441份SARI患儿NPAs。采用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)的方法,对所收集的样品进行人博卡病毒和人腺病毒的分型检测。并随机选取两株人博卡病毒阳性样品,采用PCR的方法,覆盖全长包含重叠区域的分段扩增,进行人博卡病毒全基因序列的扩增,从全基因水平进行人博卡病毒进化与突变情况的分析。对人腺病毒进行特殊型别病毒分离、纯化及鉴定,结构基因编码区序列使用PCR的方法扩增,全基因序列通过二代测序的方法获得,从而对其进行相关分子流行病学、进化、重组特征的分析。结果：第一部分人博卡病毒的分型检测与基因进化、突变分析分型检测结果。从993份呼吸道样品中,共检出HBoV阳性200份,阳性率为20.1%(95%CI：17.3%-22.9%),北京、上海与温岭HBoV阳性率分别为21.6%(56/259,95%CI：16.0%-27.3%)、17.7%(78/441,95%CI：13.8%～21.6%)及22.5%(66/293,95%CI：17.1%-28.0%),不同地区间HBoV阳性率差异无统计学意义。HBoV阳性样品中,98.5%(197/200)为HBoV1, HBoV2检出1例、HBoV3检出2例。且HBoV与其他呼吸道常见病毒存在较高的合并感染率(63.6%～94.6%)。流行病学特征与临床表现。HBoV感染情况在性别分布上差异无统计学意义,年龄分布上以6个月至2岁之间儿童易感(P0.05),季节分布上以秋冬及冬春季高发。临床表现上患儿均表现为呼吸道感染的常见症状,且不同临床症状在人博卡病毒感染者与非感染者中差异均无统计学意义。基因组分析。全基因序列与编码区序列的进化与突变分析发现,该病毒基因序列较为保守,且VP1/VP2区与全基因水平的进化分析结果一致。第二部分 人腺病毒的分型检测与进化重组分析分型检测结果。993份呼吸道样品中检出HAdV阳性共127份,阳性率为12.8%(95%CI：10.6%～15.0%),北京、上海与温岭HAdV阳性率分别为20.1%(52/259,95%CI:14.6%～25.5%)、11.6%(51/441,95%CI：8.4%～14.7%)及8.2%(24/293,95%CI：4.9%～11.5%),北京地区HAdV的阳性率明显高于温岭与上海(P0.0001)。HAdV阳性样品中,北京儿童医院HAdV-B占65.4%(34/52,95%CI：43.4%～87.4%),HAdV-C占32.7%(17/52,95%CI：17.2%～48.2%),HAdV-D 1份,并首次从呼吸道样品中检出HAdV-37与HAdV-57型；上海复旦大学附属儿科医院HAdV-B组共33例(64.7%,95%CI：42.6%～82.8%),HAdV-C组共14例(27.5%,95%CI：13.1%～41.8%),HAdV-D(HAdV-8)与HAdV-E(HAdV-4)各1例；HAdV-F (HAdV-41)检出2例。而温岭医院C组占83.3%(20/24,95%CI：46.8%～100%),B组占12.5%(3/24,95%CI：0～26.6%),E组1份。且HAdV与其他呼吸道常见病毒存在较高的合并感染率(64.7%～90.4%),与呼吸道合胞病毒(RSV)、鼻病毒(HRV)及HBoV混合感染最为常见。流行病学特征与临床表现。HAdV感染在性别分布差异无统计学意义,年龄分布上以6个月到2岁儿童易感(P0.05),季节分布上以冬春季高发。另外,不同的临床症状在HAdV感染者与非感染者中差异均无统计学意义。基因进化与重组分析。对该病毒分型检测发现的特殊型别(HAdV-2/6)进行病毒纯化与鉴定后,进行结构基因及全基因的扩增,对获得的序列进行进化与重组分析后发现,该病毒分离株存在重组现象,是HAdV-C所有型别(HAdV-1、HAdV-2、HAdV-5、HAdV-6)的重组株。结论：本研究获得了SARI儿童中HBoV与HAdV基本的流行病学特征,及不同地区的流行株,为相关疾病的防控与治疗提供参考与指导。另外,人博卡病毒序列较为保守,VP1/VP2区与全基因进化一致可作为基因分型区进行HBoV的分型检测。另外,本研究首次从呼吸道样品中检测到HAdV-37与HAdV-57,且分离出一株HAdV-C(HAdV-1、-2、-5及HAdV-6)的重组株。
【关键词】：重症急性呼吸道感染 人博卡病毒 人腺病毒 流行病学、进化、重组分析
【学位授予单位】：中国疾病预防控制中心
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R725.1;R440
【目录】：

• 英文缩略词表7-8
• 中文摘要8-10
• 英文摘要10-13
• 第一章 前言13-23
• 1.1 人博卡病毒13-16
• 1.1.1 人博卡病毒的发现13
• 1.1.2 人博卡病毒分子生物学特征13-14
• 1.1.3 人博卡病毒实验室检测方法14
• 1.1.4 呼吸道感染人博卡病毒研究现状14-16
• 1.2 人腺病毒16-21
• 1.2.1 人腺病毒的发现16
• 1.2.2 人腺病毒的分子生物学特点16-19
• 1.2.3 HAdV感染与疾病的关系19-20
• 1.2.4 呼吸道感染人腺病毒研究现状20-21
• 1.3 本研究的目的和意义21-23
• 第二章 材料与方法23-44
• 2.1 实验材料23-25
• 2.1.1 检测样品23-24
• 2.1.2 阳性对照标本及引物24
• 2.1.3 主要试剂24-25
• 2.1.4 主要仪器与耗材25
• 2.1.5 相关软件25
• 2.2 实验方法25-44
• 2.2.1 病毒核酸提取25-26
• 2.2.2 阳性对照的制备26-29
• 2.2.3 分型检测29-31
• 2.2.4 其他呼吸道病毒的检测31
• 2.2.5 HBoV全基因序列的获得31-33
• 2.2.6 HAdV细胞分离、纯化及鉴定33-38
• 2.2.7 HAdV分离株主要结构基因与全长基因的扩增38-39
• 2.2.8 分型分析39-42
• 2.2.9 HBoV的系统进化与突变分析42
• 2.2.10 HAdV的系统进化与重组分析42-43
• 2.2.11 统计学分析43-44
• 第三章 结果与讨论44-76
• 第一部分 HBoV分型检测与分析44-55
• 3.1.1 HBoV分型检测结果44-48
• 3.1.2 HboV感染的流行病学特征与临床表现48-50
• 3.1.3 HBoV系统进化与突变分析50-53
• 3.1.4 讨论53-55
• 第二部分 人腺病毒的分型检测、分离及基因多态性分析55-76
• 3.2.1 HAdV的分型检测结果55-62
• 3.2.2 HAdV感染的流行病学与临床特征62-64
• 3.2.3 HAdV病毒分离结果64-66
• 3.2.4 HAdV进化与重组特征66-73
• 3.2.5 讨论73-76
• 第四章 全文总结76-77
• 参考文献77-85
• 附录85-94
• 发表综述94-106
• 参考文献103-106
• 致谢106-107
• 个人简历107
• 攻读硕士期间发表的学术论文107

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