基于基因组分析技术的矮小症遗传病因研究

发布时间：2023-04-02 13:42

　　矮小症是指身高处在同年龄、同性别、正常健康儿童生长曲线第三百分位数(P3)以下或低于两个标准差(-2SD),是最常见的儿童发育障碍性疾病。目前,对儿童矮小症的诊断主要基于临床测量结合生化指标检测及影像学检查,部分医疗机构对矮小症儿童进行了单基因的分子检测。但是,因矮小症的遗传病因具有高度异质性,单基因的检测手段并不能为多数患者明确诊断,所以利用新的基因组技术对众多致病原因同时进行分析非常必要。这些技术主要包括:可以检测单碱基变异和小的插入缺失的全外显子组高通量测序技术以及可以进行拷贝数变异(缺失和重复)分析的全基因组染色体芯片技术。首先,我们对目前已报道的所有矮小症基因进行审核归档(Gene Curation),利用公共资源评估了1276个机械搜索到的与矮小症相关基因的致病证据。通过从文献中整理支持基因与疾病关系的遗传学信息、功能信息以及不支持致病关系的否定信息,再利用ClinGen工作组制定的标准对基因-疾病关系临床准确性进行分类,最终筛选出705个与矮小症有明确致病关系的基因,通过审核归档确定为具有矮小症致病性的基因成为我们后续基因包(Panel)设计和全外显子组测序数据分析的目标...

【文章页数】：113 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
绪论
第一章 矮小症基因临床级审核归档(Curation)研究
    1.1 前言
    1.2 对象与方法
        1.2.1 对象
        1.2.2 证据收集
        1.2.3 临床准确性分类
    1.3 结果与讨论
    1.4 总结
第二章 基于二代测序技术的矮小症分子诊断
    2.1 前言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 对象
        2.2.2 利用罗氏NimbleGen SeqCap EZ试剂盒构建Panel测序文库
        2.2.3 利用Illumina TruSeq Exome Library Prep试剂盒制备全外显子组文库
        2.2.4 利用Illumina Hiseq2000 进行捕获文库的测序
        2.2.5 利用Genome Analysis Toolkit(GATK)和Ingenuity Variant Analysis(IVA)对测序数据进行分析
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 队列分析
        2.3.2 变异鉴定及诊断率分析
        2.3.3 检出基因突变及疾病分析
        2.3.4 典型病例分析
        2.3.5 新的矮小症候选基因(测序部分)
    2.4 总结
第三章 基于染色体芯片技术的矮小症分子诊断
    3.1 前言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 对象
        3.2.2 利用Illumina Cyto-12 芯片对患者DNA样本进行检测
        3.2.3 变异分析
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 诊断率及诊断结果
        3.3.2 新的矮小症候选基因(芯片部分)
    3.4 总结
第四章 结论
    4.1 主要工作与创新点
    4.2 后续研究工作
参考文献
致谢
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本文编号：3779326