大鼠矽肺相关基因组织蛋白酶B的电子克隆与验证

发布时间：2018-02-22 01:58

  本文关键词： 组织蛋白酶B 矽肺 差异表达基因 电子克隆　出处：《中国工业医学杂志》2014年02期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：目的探讨差异表达基因组织蛋白酶B在大鼠矽肺模型中的作用。方法对以往经抑制消减杂交筛选得到的一条编号为ES110708的差异表达序列标签(EST)作为种子序列,通过电子克隆进行延伸,并在大鼠矽肺模型中用RT-PCR方法进行验证。结果筛选得到的大鼠矽肺差异表达EST经电子克隆延伸得到了含有完整开放读码框架(ORF)的cDNA序列,长度为1977bp,比原来的EST片段(172bp)延伸了1805 bp。其ORF预测为1020 bp,符合Kozak规则。将ORF序列进行同源性检索,其与序列号为NM022597.2的cDNA部分序列完全同源,说明所测ORF属于序列NM022597.2。该序列代表的基因是组织蛋白酶B。经RT-PCR验证,实验组大鼠肺组织Cathepsin B mRNA表达量明显上调。15 d、30 d、60 d时,其吸光度(A)值分别为对照组的4.133、6.639、4.981倍,差异具有统计学意义(P0.05)。结论电子克隆能有效延伸EST序列直至全长cDNA序列,差异表达基因组织蛋白酶B可能参与了矽肺的发生与发展。
[Abstract]:Objective to investigate the role of differentially expressed cathepsin B (cathepsin B) in rat model of silicosis. Methods A differentially expressed sequence label named ES110708, which was selected by suppression subtractive hybridization, was used as seed sequence. The rat silicosis differential expression EST was amplified by electronic cloning and verified by RT-PCR method in the rat silicosis model. Results the cDNA sequence with complete open reading frame was obtained by electronic cloning extension of rat silicosis differential expression EST. The length is 1977bp, which extends 1805 BP compared with the original EST fragment 172bp. its ORF prediction is 1020 BP, which conforms to the Kozak rule. The homology search of ORF sequence is completely homologous to the partial sequence of cDNA with sequence number NM022597.2. The results showed that the ORF belonged to the sequence NM022597.2.The gene represented by this sequence was cathepsin B. the expression of Cathepsin B mRNA in lung tissue of experimental group was significantly up-regulated at 30 d ~ 60 d, and the absorbance of Cathepsin B was 4.981 times higher than that of control group, respectively, after 30 d ~ (60 d) upregulation, as compared with that of control group, NM022597.2.The expression of Cathepsin B mRNA in lung tissue of experimental group was 4.133 times higher than that of control. Conclusion Electronic cloning can effectively extend the EST sequence to the full-length cDNA sequence, and the differentially expressed cathepsin B may be involved in the genesis and development of silicosis.
【作者单位】： 河北联合大学基础医学院病理学系;唐山市眼科医院病理科;淄博市中心医院病理科;
【基金】：河北省科学技术研究与发展计划项目(09276192D)
【分类号】：R135.2

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本文编号：1523374