462例肺结核患者结核分枝杆菌MLVA基因分型的研究

发布时间：2017-04-27 13:05

  本文关键词：462例肺结核患者结核分枝杆菌MLVA基因分型的研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：肺结核已成为威胁人类健康的全球性疾病，在发展中国家仍然是一个重大的公共卫生负担。作为早期基因分型金标准的插入序列6110限制性片段长度多态性（IS6110 RFLP）分型，其方法较为繁琐，结果不易分析，实验室间的结果很难进行比对。多位点数目可变串联重复序列基因分型（MLVA）技术简便快速，可操作性强，其速度远超其他分型方法，且适用于大规模菌株基因型鉴定。目的利用MLVA分型技术，探讨吉林省结核病院结核分枝杆菌的基因型，流行趋势以及分布情况，为吉林省结核病的防控工作提供理论依据。方法收集吉林省结核病院2011年-2012年肺结核患者痰液标本的结核分枝杆菌分离株，利用MLVA基因分型方法，对其进行基因分型的初步研究。本研究选用12个数目可变串联重复序列（VNTR）位点进行分型检测，采用Totalab软件对检测结果进行数据化分析，并利用BioNumerics（6.0）软件得出聚类分析结果。用SPSS（13.0）统计软件对462株结核分枝杆菌基因型不同因素的成簇性、186株优势菌株和与数据库比对所得北京家族基因型结果进行统计学分析。结果（1）462株结核分枝杆菌临床分离株的12个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性，12个VNTR位点的Hunter-Gaston指数从0.296到0.756，其中分辨力较高的位点是MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40，中等分辨力的位点是MIRU16、MIRU4、MIRU39、MIRU27、MIRU23、MIRU24、MIRU2，分辨力较低的位点是MIRU20。（2）利用Ward法（树状图法）对462株临床分离株和1株标准菌株H37Rv，共463株菌株进行基因分型，分为4个基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ），406个基因型，其中Ⅰ群占45％（210/463），含有210株菌和191个基因型，标准株也在该群，为主要流行菌型。（3）最近邻法对462株临床分离株和1株标准菌株H37Rv进行MLVA分型，结果分为6个基因群（a、b、c、d、e、f），460个基因型，a群占80％（371/463），为主要流行基因型，标准株在b群。（4）将462株临床分离株及标准株与数据库比对，结果显示北京家族基因型占70％（324/463），非北京家族基因型占30％（139/463）。非北京家族基因型主要包括Bov、CAS、H_3、H_4、T_1、T_3、LAM等基因型。（5）462菌株成簇基因型与非成簇基因型在性别（χ~2=0.289，P=0.591）、年龄（χ~2=0.909，P=0.340）、初治复治（χ~2=3.135，P=0.077）、是否合并疾病（χ~2=0.404，P=0.525）、临床类型（P0.05）之间差异均无统计学意义。（6）462菌株优势菌株与非优势菌株在性别（χ~2=2.803，P=0.094）、年龄（χ~2=0.201，P=0.654）、初治复治（χ~2=0.001，P=1.000）、临床类型（χ~2=0.228，P=0.633）之间差异均无统计学意义，感染优势菌株基因型的患者中合并疾病的人数所占比例高于感染非优势菌株基因型患者中合并疾病人数所占比例（χ~2=6.292，P=0.012）。（7）462菌株北京家族基因型与非北京家族基因型在年龄（χ~2=0.490，P=0.484）、初治复治（χ~2=0.304，P=0.582）、是否合并疾病（χ~2=0.41，P=0.522）、临床类型之间（P0.05）差异均无统计学意义，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例（χ~2=5.909，P=0.015）。结论研究结果初步显示（1）MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40位点是分析吉林省462例肺结核患者结核分枝杆菌基因分型的首选位点。（2）462株结核分枝杆菌临床分离株存在着明显的遗传多态性。MLVA基因分型至少分为四个基因群，主要流行菌型为Ⅰ群和a群。（3）吉林省462例肺结核患者来自不同县市其主要基因型群存在差异，大部分地区与总体的流行趋势相符。（4）吉林省462例肺结核患者是否感染成簇基因型与性别、年龄、初诊和复诊、是否合并疾病、临床类型均无关。（5）吉林省462例肺结核患者是否感染优势菌株基因型与性别、年龄、初诊和复诊、临床类型均无关，仅与是否合并其他疾病有关，，感染优势菌株基因型患者合并其他疾病患者的比例高于感染非优势菌株基因型患者中合并其他疾病患者的比例。（6）吉林省462例肺结核患者是否感染北京家族基因型与年龄、初诊和复诊、是否合并疾病、临床类型均无关，与性别有关，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例。
【关键词】：结核病 结核分枝杆菌 基因分型 多位点可变数目串联重复序列分析 Hunter-Gaston指数
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R521
【目录】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-11
• 英文缩略词表11-12
• 第1章 绪论12-21
• 1.1 结核病流行特征12-15
• 1.1.1 全球结核病流行现状12-13
• 1.1.2 我国结核病流行现状13-14
• 1.1.3 吉林省结核病流行现状14-15
• 1.2 结核病流行过程15-16
• 1.2.1 传染源15
• 1.2.2 传播途径15
• 1.2.3 易感人群15-16
• 1.3 结核病的诊断与治疗16
• 1.4 结核病的分子生物学研究16-19
• 1.4.1 结核分枝杆菌的生物学特征16-17
• 1.4.2 结核分枝杆菌的基因分型方法17-19
• 1.5 结核分枝杆菌 MLVA 基因分型研究19-20
• 1.5.1 可变数目串联重复序列19
• 1.5.2 多位点可变数目串联重复序列基因分型19
• 1.5.3 MLVA 分型法在结核分枝杆菌基因分型中的应用19-20
• 1.6 本课题研究意义20-21
• 第2章 材料与方法21-29
• 2.1 实验材料21-22
• 2.1.1 实验对象21
• 2.1.2 实验菌株21
• 2.1.3 实验试剂21
• 2.1.4 实验耗材21-22
• 2.1.5 实验仪器22
• 2.1.6 实验试剂的配制22
• 2.2 研究方法22-27
• 2.2.1 调查内容22
• 2.2.2 结核菌的培养22-23
• 2.2.3 DNA 的制备23
• 2.2.4 结核菌的鉴定23-25
• 2.2.5 MLVA 分型检测25-27
• 2.3 数据整理与分析27-29
• 2.3.1 重复拷贝数的计算27
• 2.3.2 Hunter Gaston 指数（HGI）的计算27
• 2.3.3 聚类分析27-28
• 2.3.4 人群分布特征分析28-29
• 第3章 结果29-52
• 3.1 病例的一般状况29
• 3.2 分离菌株的鉴定29-31
• 3.3 VNTR 位点检测31-38
• 3.3.1 样本的重复性检测31
• 3.3.2 VNTR 位点检测结果31-37
• 3.3.3 不同位点的分辨力37-38
• 3.4 菌株的 MLVA 基因分型38-46
• 3.4.1 待测菌株 VNTR 位点的重复拷贝数38
• 3.4.2 Ward 法 MLVA 基因分型38-42
• 3.4.3 最近邻法 MLVA 基因分型42-44
• 3.4.4 MLVA 基因分型与数据库比对结果44-46
• 3.5 基因型成簇性的分布特征46-48
• 3.5.1 性别分布46
• 3.5.2 年龄分布46
• 3.5.3 临床特征分布46-48
• 3.6 优势菌株基因型的分布特征48-50
• 3.6.1 性别分布48
• 3.6.2 年龄分布48
• 3.6.3 优势菌株基因型的临床特征分布48-50
• 3.7 Spoligotyping 基因分型的分布特征50-52
• 3.7.1 性别分布50
• 3.7.2 年龄分布50
• 3.7.3 北京家族基因型的临床特征分布50-52
• 第4章 讨论52-58
• 4.1 12 个 VNTR 位点的多态性52-53
• 4.2 MLVA 基因分型研究53-55
• 4.2.1 Ward 法（树状图法）MLVA 基因分型研究53-54
• 4.2.2 最近邻法 MLVA 基因分型研究54-55
• 4.3 基因型成簇性分析55
• 4.4 优势菌株基因型分析55-56
• 4.5 Spoligotyping 基因分型分析56-58
• 第5章 结论58-59
• 参考文献59-66
• 攻读学位期间发表的学术论文及取得的科研成果66-67
• 课题资助情况67-68
• 致谢68

【参考文献】

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本文编号：330651