年龄、性别、种族与吸烟对肺正常组织转录组定性特征的影响

发布时间：2024-03-13 05:55

　　在某一特定类型的人类正常组织样本内,基因表达水平的相对高低秩序(relative expression orderings,REOs)关系,即转录组定性特征,存在广泛的稳定性,而在其相应的癌症组织样本中却发生了广泛的扰动。基于这一生物学现象,我们实验室已经开发几个基于REOs的分析算法,如用于识别个体化水平的差异表达基因的RankComp算法,利用单边数据识别疾病相关通路的DRFunc算法等。在这类方法中,通常都是筛选出基因表达的秩序关系在正常组织样本中显著稳定的基因对,利用其作为正常背景,然后通过癌症组织样本中的基因对与这个正常背景比较,进行相关分析。REOs具有对实验批次效应不敏感、可以整合不同来源的数据,因此可以重复利用以往研究累积的样本等优点。然而,目前尚没有研究分析如年龄、性别、种族以及吸烟等混杂因素对正常组织样本中REOs的影响。在本研究中,我们搜集来自三个独立数据集的173例肺正常组织样本,用于评价混杂因素对REOs的影响。对于年龄因素,我们采用秩和检验筛选与年龄相关的基因对。其他三个因素,首先,利用二项累积分布分别在两类样本中筛选显著稳定的基因对,然后比较这两类样本中基...

【文章页数】：44 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1在肺正常组织样本中识别两类样本间群体水平的差异表达基因步骤，以性别为例，其他混杂因素类似

肺正常组织样本中识别两类样本间群体水平的差异表达以性别为例，其他混杂因素类似。集分析与基因组百科全书KEGG（KyotoEncyclopediaof库（http://www.genome.jp/kegg/），是一个储存基因以及它们之间关系的数据库[46-48]，目的是为了广....

图2.2本研究中的分析流程图

通过由某些疾病相关的致病基因与已知的相互作用边连成几个独立部和综合的通路，疾病通路的基因可能会分成互相不相连的几块，而且也似的功能。除了定义通路之外，KEGG还开发了一些通路分析工具如K(mapper)[49]，其可以给各个通路中的感兴趣的基因和酶等注释上使用者的颜色，把从功....

本文编号：3927293