非肺孢子菌肺炎患者呼吸道标本耶氏肺孢子菌检出情况

发布时间：2017-06-24 14:08

  本文关键词：非肺孢子菌肺炎患者呼吸道标本耶氏肺孢子菌检出情况，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的调查耶氏肺孢子菌(Pneumocystis jirovecii,Pj)特异性核酸片段在非肺孢子菌肺炎(non-Pneumocystis pneumonia,non-PCP)患者呼吸道标本的检出情况。方法利用确诊肺孢子菌肺炎患者的呼吸道标本提取DNA,以线粒体大亚基核糖体核糖核酸(Mitochondrial large subunit r RNA,mt LSUr RNA)和主要表面糖蛋白(Major surface glycoprotein,Msg)为目的基因设计引物、PCR扩增,扩增产物克隆测序,并在美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)上进行比对,获得阳性标准品。应用常规聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)、巢式PCR(Nest PCR,n PCR)和定量PCR(Quantitative PCR,q PCR)方法,分别以mt LSUr RNA为靶基因建立常规PCR(Mt-PCR)和巢氏PCR(Mt-n PCR),以Msg为靶基因建立常规PCR(Msg-PCR),入选脑瘤手术患者咽喉部吸取液及支气管镜检查患者获得的支气管肺泡灌洗液(Bronchial Alveolar Lavage Fluid,BALF),以国际通用PCP诊断标准入选non-PCP人群的咽喉部及肺部标本,调查该人群呼吸道标本Pj特异性核酸片段的检出率。对PCR或n PCR检出为阳性的呼吸道样本,进一步利用q PCR的方法,分别以mt LSUr RNA和Msg为靶基因,调查non-PCP人群呼吸道标本中Pj的靶基因拷贝数量。结果Pj Msg基因克隆测序的结果有57条,与NCBI基因库中的Pj Msg A(Gen Bank AAL67137)比对一致率范围为55%-100%。Pj mt LSUr RNA基因克隆测序的结果有1条,与NCBI基因库中的Pj mt LSUr RNA(Gen Bank JX855937.1)比对一致率为99%。在108例咽喉部吸取液样本中,Mt-n PCR、Msg-PCR及Mt-PCR的检出率分别为41.7%(45/108)、15.7%(17/108)和4.6%(5/108),其中三种检测方法均为阳性的有1例(1%),任意两种方法阳性的有11例(10%),任意一种方法阳性的有42例(39%),三种方法均为阴性的有54例(50%)。对54例PCR检测结果为阳性的标本分别进行mt LSUr RNA定量PCR(Mt-q PCR)和Msg定量PCR(Msg-q PCR)检测,其中Mt-q PCR检测结果为:103拷贝/μl-104拷贝/μl的占90.7%;Msg-q PCR检测结果为:103拷贝/μl-105拷贝/μl的占90.7%。男女性别比较差异均无统计学意义(χ2值分别为0.017、0.01和2.131,均P0.05)。年龄比较差异均无统计学意义(χ2值分别为0.988、2.350和2.514,均P0.05)。在50例BALF样本中,Mt-n PCR、Msg-PCR及Mt-PCR的检出率分别为56%(28/50)、26%(13/50)和36%(18/50),其中三种检测方法均为阳性的有5例(10%),任意两种方法阳性的有13例(26%),任意一种方法阳性的有18例(36%),三种方法均为阴性的有14例(28%)。对36例PCR检测结果为阳性的标本分别进行Mt-q PCR和Msg-q PCR检测,其中Mt-q PCR检测结果为:103拷贝/μl-104拷贝/μl的占100%;Msg-q PCR检测结果为:103拷贝/μl-106拷贝/μl的占91.7%。男女性别比较差异均无统计学意义(χ2值分别为0.253、0.402和0.573,均P0.05)。年龄比较差异均无统计学意义(χ2值分别为0.879、1.203和0.387,均P0.05)。结论在non-PCP人群中,咽喉部吸取液及BALF标本中Pj检出率分别为50%和72%,Mt-q PCR拷贝数主要位于103拷贝/μl至104拷贝/μl,Msg-q PCR拷贝数主要位于103拷贝/μl至106拷贝/μl。呼吸道标本用核酸扩增方法检测出Pj时临床意义解读需要谨慎。
【关键词】：非肺孢子菌肺炎 耶氏肺孢子菌 常规PCR 巢氏PCR 定量PCR
【学位授予单位】：首都医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R519.8
【目录】：

• 中文摘要5-7
• 英文摘要7-10
• 前言10-13
• 1．国内外研究现状10-11
• 2．本课题的研究设计11-13
• 材料与方法13-18
• 1．实验材料13-15
• 1.1 临床资料13-14
• 1.2 主要试剂14
• 1.3 主要仪器14-15
• 2．实验方法15-18
• 2.1 标本采集15
• 2.2 引物合成15-16
• 2.3 DNA提取16
• 2.4 n PCR16
• 2.5 常规PCR16-17
• 2.6 q PCR17
• 2.7 统计学处理17-18
• 实验结果18-24
• 1．靶基因扩增18-19
• 2．不同性别及年龄患者PCR阳性率比较19-21
• 3．q PCR结果21-24
• 讨论24-26
• 结论26-27
• 参考文献27-30
• 文献综述30-39
• 综述参考文献36-39
• 附录 缩略语一览表39-40
• 攻读学位期间发表论文情况40-41
• 致谢41-42
• 个人简历42

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本文编号：478423