FAM46A,EBF1和PTPN22基因多态性与河南汉族肺结核相关性分析

发布时间：2017-09-16 21:27

  本文关键词：FAM46A,EBF1和PTPN22基因多态性与河南汉族肺结核相关性分析

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【摘要】：研究背景和目的:肺结核(Pulmonary tuberculosis,PTB)是结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染而引起的一种传染病,其感染率和致死率均较高,严重威胁了人类的健康。据统计,全球目前约有20亿人感染结核分枝杆菌,其中1/10的人发展为活动性结核。WHO的统计数据表明,全球有22个结核病高负担国家,我国是其中之一,结核病死亡率在各种死因中位列第9。肺结核的发病机制非常复杂,除了受病原体毒力和环境因素的影响外,其发生还与宿主遗传基因有关。肺结核的遗传易患性由多种基因决定,而且因种族和地域的差异有所区别,所以临床上应针对不同的群体制定预防、诊断和治疗方案。因此,筛选不同地域和人群的肺结核易感基因,并探索其发病的分子机制,将为制定有针对性的预防、诊断和治疗方案提供理论依据和参考数据。近年来,随着人类基因组学和蛋白组学的发展,已经发现有多种基因与肺结核的易感性相关。2002年,Lagali,P.S等人首次发现位于染色体6q14.1的FAM46A基因,其编码序列第2外显子处存在一个VNTR序列。2014年,Godfrey Essien Etokebe等人发现,FAM46A基因与在克罗地亚人群肺结核易感性相关,并认为VNTR可以参与调控形态发育,基因转录以及蛋白质的功能等生物过程,但在其他人群中未见相关报道。早期B细胞因子1(EBF1)基因位于染色体5q34,是编码B细胞特异性因子,2012年,Eileen Png等人研究发现,EBF1基因rs10515787位点多态性与印第安人群的肺结核易感性相关,由于机体对结核分枝杆菌产生的免疫反应主要与T淋巴细胞有关,所以作者推断该基因不仅参与B细胞免疫,而且通过NOTCH信号传导在T细胞定向分化中亦扮演着非常重要的角色,影响宿主对胞内菌感染产生的免疫反应,但这一论点缺少更多的实验支持,Eileen Png的研究结果是种族遗传差异还是普遍现象?在中国人群中是否也存在这一发病机制?有待进一步的研究。多项研究表明,蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型22基因(PTPN22)与多种免疫性疾病有关。该基因定位于1号染色体短臂1区3带,编码蛋白酪氨酸磷酸酶(Lyp),LYP可以抑制T细胞活化,限制T细胞活化的信号通路,引起相关疾病。近年来,有学者发现PTPN22基因rs2488457位点与I型糖尿病、自发性荨麻疹等免疫性疾病有关。2009年,Lamsyah等研究发现PTPN22基因rs33996649位点与摩洛哥人群肺结核的易感性有关。那么PTPN22基因rs2488457位点是否与肺结核的易感性相关?PTPN22基因rs33996649位点是否与中国汉族人群肺结核的发生有关?这还有待进一步的研究。本次实验选取FAM46A基因的VNTR位点,EBF1基因的rs10515787位点及PTPN22基因rs2488457和rs33996649位点,通过分析这四个位点多态性与河南汉族人群肺结核易感性的相关性,探索以上几个位点是否具有种族和地域的差异,为制定有效的PTB预防、诊断和治疗方法提供一定的参考和理论依据。研究对象:病例组:收集200例来自河南安阳和新乡传染病医院的初诊肺结核患者的血液标本,年龄范围在20-56之间,平均年龄为38.9±17.6岁,其中男性受试者146人,女性受试者54人,肺结核的诊断标准与2008年我国卫生部制定的WS288-2008诊断标准一致。排除其它免疫性疾病感染,如糖尿病、HIV感染等,以及使用免疫抑制剂的患者。对照组:随机选取200名同期体检的健康个体,年龄范围在20-52岁之间,平均年龄为36.0±15.7岁,其中男性受试者178人,女性受试者22人,排除标准同病例组。所有病例组和对照组的研究对象均来自河南地区,研究对象之间无血缘关系。以上所有受检个体均得到本人或监护人知情同意。研究方法:抽取研究对象2ml的外周血,酚-氯仿法提取基因组DNA。STR-PCR方法扩增FAM46A基因VNTR位点,扩增片段用2.0%的琼脂糖凝胶电泳检测,然后用毛细管电泳(CE)检测其多态性,并分别用其重复次数来命名VNTR的等位基因类型。PCR扩增EBF1基因rs10515787,PTPN22基因rs2488457和rs33996649等位点,扩增片段用2.0%的琼脂糖凝胶一并进行电泳检测,然后分别经过TasⅠ、SacⅠ和MspⅠ限制性内切酶酶切,并分别用2.0%、3.5%和2.0%的琼脂糖凝胶电泳对酶切片段进行基因型检测,紫外分析凝胶成像系统观察并记录。统计学处理:使用SPSS17.0统计软件分析实验数据(检验水准:α=0.05),并根据运行结果,以OR值及95%置信区间来评估基因突变对肺结核发生的相对风险度。各位点对照组均使用HWE 1.20软件进行Hardy-Weinberg检测,评估所选资料的人群代表性。运用MDR Software程序包(版本0.6.1)分析基因-基因间的交互作用。结果:1、对照组中,所检测的四个基因位点的基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),具有较好的人群代表性。2、FAM46A基因VNTR检测出4种等位基因,分别为1、2、3、4;检测到9种基因型,分别为1/1、1/2、2/2、1/3、2/3、3/3、2/4、3/4、4/4。相对风险估计显示2/2基因型与河南汉族肺结核的易感性呈正相关,2/3基因型与肺结核的易感性呈负相关。3、EBF1基因rs10515787位点,在患者组和对照组之间,等位基因和基因型频率的差异均具有统计学意义(P0.05),AA基因型以及A等位基因是肺结核的发病危险因子。4、PTPN22基因rs2488457位点GC基因型频率在两组之间的差异具有统计学意义(P0.05),相对风险估计显示与河南汉族肺结核的易感性呈负相关。5、在河南汉族人群中未发现PTPN22基因rs33996649位点多态性,对所有受试个体的检测结果全部为CC基因型。6、EBF1基因rs10515787位点、PTPN22基因rs2488457和rs33996649位点之间存在交互作用。结论:1、FAM46A基因VNTR位点、EBF1基因rs10515787位点G/A多态性、PTPN22基因rs2488457位点G/C多态性与肺结核的易感性有关。2、EBF1基因rs10515787位点、PTPN22基因rs2488457和rs33996649位点之间存在交互作用。
【关键词】：肺结核 FAM46A基因 EBF1基因 PTPN22基因 多态性 河南汉族
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R521
【目录】：

• 摘要4-8
• Abstract8-15
• 前言15-18
• 实验材料18-21
• 1 研究对象18
• 2 试剂与器材18-21
• 实验方法21-26
• 1 提取基因组DNA21
• 2 测定DNA纯度及含量21-22
• 3 FAM46A基因VNTR位点，EBF1 基因rs10515787 位点，，及PTPN22 基因rs2488457 和rs33996649 位点的多态性检测22-26
• 统计学分析26-27
• 结果27-41
• 1 四个位点基因分型结果27-31
• 2 四个位点PCR产物测序结果31-34
• 3 各基因多态分布的Hardy-Weinberg检验结果34-35
• 4 病例组与对照组中各位点等位基因和基因型分布35-39
• 5 应用多因子降维法（MDR）分析基因-基因交互作用39-41
• 讨论41-50
• 1 FAM46A基因VNTR位点与肺结核的易感性41-45
• 2 EBF1 基因rs10515787 位点与肺结核的易感性45-46
• 3 PTPN22 基因rs2488457 位点与肺结核的易感性46-47
• 4 PTPN22 基因rs33996649 位点与肺结核的易感性47-48
• 5 基因-基因之间的相互作用48-50
• 结论50-51
• 参考文献51-54
• 综述54-73
• 1 HLA基因多态性与肺结核易感性的关系55-57
• 2 非HLA基因多态性与肺结核易感性的关系57-64
• 3 肺结核相关基因研究的现状及前景64-65
• 参考文献65-73
• 缩略词73-77
• 致谢77-78
• 个人简历78

【参考文献】

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1 吴惠民，马德志;结核杆菌与结核病[J];生物学通报;1996年10期

本文编号：865521