基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位

发布时间：2017-11-05 12:14

  本文关键词：基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位

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【摘要】：目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高。通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高;特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比较高。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础。
【作者单位】： 南方医科大学生物技术学院生物治疗研究所;
【基金】：国家自然科学基金(31070119) 广东省自然科学基金(S2011010006070) 国家创业训练项目(201212121100) 广东省大学生创新项目(1212111040)
【分类号】：R392
【正文快照】： 噬菌体随机肽库技术现已成为表位研究的一个操作简便、高通量和低成本的实用性平台。以单克隆抗体为靶标,通常能获得大量模拟表位(mimotope),通过比对模拟表位与抗原原始序列及其结构,往往能预测并确定相应的表位或得到一些有价值的信息[1-3]。尽管手工可以完成模拟表位与抗原

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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【相似文献】

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中国硕士学位论文全文数据库 前10条

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本文编号：1144149