随机梯度boosting算法在代谢组学研究中的应用

发布时间：2017-11-05 20:09

  本文关键词：随机梯度boosting算法在代谢组学研究中的应用

  更多相关文章： 随机梯度boosting 代谢组学 分类判别 特征筛选

【摘要】：目的探讨随机梯度boosting算法(SGB)对代谢组学数据分类判别和代谢物筛选的效果。方法每一次迭代均根据损失函数最小化原则得出"伪残差",并用最小二乘法对其构建基础分类器(决策树),最终组合各分类器形成随机梯度boosting模型。通过模拟实验和真实代谢组学数据的分析,与Adaboost、RF、SVM三种算法进行比较。结果无论是在模拟条件下还是真实数据中,随机梯度boosting算法的分类准确性都优于其他三种算法。算法可评价各代谢物重要性,有效地筛选出部分代谢物。结论随机梯度boosting算法适用于代谢组学数据研究,对疾病早期诊断、治疗和预后具有重要价值,值得进一步研究和探索。
【作者单位】： 哈尔滨医科大学卫生统计教研室;复旦大学附属肿瘤医院临床资料统计室;
【基金】：国家自然科学基金资助(81172767)
【分类号】：R341;TP18
【正文快照】： 代谢物组学是在后基因组学时代兴起的一门跨领域学科,其主要目标是定量地研究生命体对外界刺激、病理生理变化、以及基因突变而产生的其体内代谢物水平的多元动态反应,目前已发展并渗透到各个生物学领域,如疾病早期诊断〔1〕、医药研制开发、营养食品科学、毒理学等。代谢组

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 刘树业;段樱;李娴;;代谢组学的进展及肝脏代谢组学[J];分子诊断与治疗杂志;2009年03期

2 吴公平;王蓉蓉;田洪;刘东波;胡瑕;欧阳杰湖;陈子渊;;过敏反应动物模型的代谢组学研究[J];中国现代医学杂志;2011年23期

3 王宇平;郭长江;杨继军;韦京豫;张琪;颜贤忠;;急性低氧暴露小鼠外周血代谢组变化分析[J];中国应用生理学杂志;2009年02期

4 岳秀飞;史晓伟;;代谢组学技术及其应用的研究进展[J];科技信息;2010年32期

5 张敏;钱善军;;代谢组学在医药学中的应用现状和展望(综述)[J];安徽卫生职业技术学院学报;2011年04期

6 施钰琳;王小琴;;代谢组学及其应用研究新进展[J];医学综述;2007年20期

7 熊萍;肖丽英;李继遥;;细菌和真菌的代谢组学研究[J];国际口腔医学杂志;2008年S1期

8 苑福升;刘健;高琦;朱本清;王海涛;闫鹏;杨小玉;;联合蛋白质组学和代谢组学探讨兔脊髓缺血再灌注损伤的时间规律[J];中国医药导报;2011年12期

9 许彬;王海龙;魏开华;张学敏;杨松成;;代谢组学分析技术及其在几类重大疾病研究中的应用[J];分析测试学报;2006年05期

10 刘树民;卢芳;王喜军;孙文军;董培良;;基于代谢组学的热病证候模型评价方法研究[J];中国药理学通报;2009年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 蒋宁;周文霞;张永祥;颜贤忠;张齐;;基于核磁共振技术的快速老化模型小鼠体液代谢组学研究[A];2008年全国抗衰老与老年痴呆学术会议论文集[C];2008年

2 司端运;刘昌孝;;基于质谱技术的代谢组学研究方法中存在的问题[A];第八次全国药物与化学异物代谢学术会议论文摘要[C];2006年

3 许国旺;;代谢组学研究的新进展[A];2007年浙江省医学检验学学术年会论文汇编[C];2007年

4 赵立波;刘恩溢;刘一;李玉珍;;基于三重四极杆-线性离子阱杂交质谱技术的代谢组学分析方法的建立[A];2011年中国药学大会暨第11届中国药师周论文集[C];2011年

5 李福山;白岚;;分子生物学研究的新领域—代谢组学[A];广东省肝脏病学会微创专业委员会学术会议暨消化道肿瘤靶向治疗新技术学习班论文汇编[C];2007年

6 孙璐璐;李金宝;邓小明;;大鼠革兰阴性菌和革兰阳性菌感染脓毒症模型的构建及代谢组学研究[A];第十五次长江流域麻醉学学术年会暨2010年中南六省麻醉学学术年会暨2010年湖北省麻醉学学术年会论文集[C];2010年

7 张利民;叶央芳;安艳捧;田园;王玉兰;唐惠儒;;大鼠对黄曲霉毒素B1暴露应答的代谢组学研究[A];第十六届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2010年

8 林[?钊;印大中;;能量代谢与人类生理性衰老过程[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年

9 徐雯欣;安艳捧;王玉兰;唐惠儒;;链脲佐菌素诱导大鼠各脏器的代谢组分析[A];第十六届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2010年

10 冉玉平;;转化真菌学—概念与实践[A];中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会论文摘要集[C];2011年

中国重要报纸全文数据库 前3条

1 中科院院士、人类基因组北方中心主任强伯勤;与临床结合更紧是趋势[N];健康报;2006年

2 孙国根;闻玉梅院士解读“人体细菌群落分布图”[N];中国医药报;2009年

3 复旦大学附属华东医院营养科 冯颖;人类对于肠道微生态的认识步入新境界(上)[N];中国食品报;2010年

中国博士学位论文全文数据库 前6条

1 黎莉;疾病及药物干预的代谢组学方法及应用研究[D];华东理工大学;2010年

2 夏建飞;基于液质联用技术的代谢组学新方法的研究与应用[D];华东理工大学;2010年

3 韩莉妲;基于GC/MS技术的脂肪酸代谢轮廓谱方法和应用研究[D];华东理工大学;2011年

4 江芝婷;代谢组学在疾病预测诊断以及疗效评价中的应用研究[D];华东理工大学;2011年

5 廖文婷;基于生物质谱技术的HIV-1 Tat蛋白生物活性的代谢组学研究[D];第二军医大学;2012年

6 周江睿;神经肽Y对巨噬细胞炎性因子和小分子炎症介质的调节及机制研究[D];第二军医大学;2012年

中国硕士学位论文全文数据库 前7条

1 毛璇;代谢组学技术在疾病动物模型研究中的应用[D];中国人民解放军军事医学科学院;2010年

2 吴胜明;基于GC/TOF-MS小鼠血浆代谢组学技术方法的建立及其应用[D];中国人民解放军军事医学科学院;2010年

3 李文娟;博尔纳病病毒感染人少突胶质细胞的代谢组学研究[D];重庆医科大学;2012年

4 吕洁;钆生物效应代谢组学研究[D];燕山大学;2009年

5 王泳钦;束缚应激致大鼠高同型半胱氨酸血症的肝脏代谢组学研究[D];华北煤炭医学院;2009年

6 张磊;F蛋白诱导原位肝移植大鼠免疫耐受的实验研究[D];天津医科大学;2012年

7 董玲玲;生物被膜型白念珠菌代谢物分析及代谢变化的初步研究[D];第二军医大学;2010年

，

本文编号：1145675