屎肠球菌裂解性噬菌体Ec-ZZ2全基因序列的初步分析

发布时间：2018-06-19 01:52

本文选题：肠球菌 + 噬菌体　；参考：《吉林大学》2017年硕士论文

【摘要】：屎肠球菌(Enterococcus faecium)是肠球菌属(Enterococcus)的重要成员,为革兰阳性球菌,常见于人和动物的肠道内,亦存在于自然界的环境中。肠球菌(粪肠球菌和屎肠球菌)为条件致病菌,是引起医院内感染的常见病原菌之一。肠球菌引起的感染对象主要为接受化疗的肿瘤患者、器官移植病人、严重外伤和有慢性病的老年患者。此外,肠球菌对抗生素的耐药已成为重要的公共卫生问题。特别是耐万古霉素肠球菌(Vancomycin-resistant Enterococci,VRE)的出现严重威胁到公众的健康。近年来,利用噬菌体预防和控制细菌感染的噬菌体疗法重新引起有关专业机构和人士的关注。本项研究的目的是通过分离鉴定屎肠球菌噬菌体并对其遗传信息进行初步分析,为今后噬菌体用于肠球菌引起的感染提供依据。采用常规方法从环境的污水中分离一株屎肠球菌裂解性噬菌体,命名为Ec-ZZ2。透射电镜显示,噬菌体Ec-ZZ2的头部呈球形、直径约50 nm,尾部长约180 nm。噬菌体Ec-ZZ2的形态学特征符合有尾病毒目、长尾病毒科噬菌体。提取和纯化的噬菌体Ec-ZZ2基因组提交至华大基因技术服务公司进行测序。结果显示,Ec-ZZ2的基因组为双链DNA、大小41,170 bp,G+C含量34.59%。序列分析表明,Ec-ZZ2基因组有59个编码序列、5个串联的重复序列和2个微卫星DNA,未发现t RNA。在59个编码序列中,29个编码序列可预测其基因功能,其余30个编码序列为未知基因。这些可预测基因功能涵盖结构蛋白模块(衣壳蛋白、尾蛋白、头尾连接蛋白、尾带宽度蛋白和尾丝蛋白)、DNA复制和组装模块(DNA多聚酶、DNA引物酶、DNA解旋酶、HNH内切酶、转录调节蛋白、通道蛋白、末端酶大亚基和末端酶小亚基)、代谢模块(裂解素、穿孔素和谷胱甘肽家族蛋白)和其他模块(金属-β-内酰胺酶蛋白域)。基因比对发现,噬菌体Ec-ZZ2基因组与肠球菌噬菌体IME-EF4(登录号:KF733017)、肠球菌噬菌体IME-EF3(登录号:KF728385)、肠球菌噬菌体Efa CPT1(登录号:JX193904)和肠球菌噬菌体AUEF3(登录号:KJ127304)具有较高的同源性,分别为97%、91%、92%和96%。噬菌体Ec-ZZ2的全基因组序列已提交至Gen Bank,登录号:KR131750。
[Abstract]:The results showed that E - ZZ2 genome has 59 coding sequences , DNA replication and assembly module ( DNA polymerase , DNA primer enzyme , DNA helicase , HNHK protein and terminal enzyme small subunit ) , metabolic module ( lysin , perforin and glutathione family protein ) and other modules ( metal - 尾 - lactamase protein domain ) . KF733017 ) , enterococcus phage display IME - EF3 ( accession number : KF728385 ) , enterococcus phage Efa CPT1 ( Accession No .
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R378

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