流感病毒感染转录组分析及病毒克隆型方法学研究

发布时间：2020-04-14 23:29

【摘要】：甲型流感病毒属于正粘病毒科,可以引起高度传染性的呼吸道疾病,在全球范围内造成严重的经济损失。该病毒利用和破坏宿主内蛋白分子和信号通路以增加病毒自身的复制和抑制宿主的抗病毒免疫反应。本工作主要是以流感病毒为对象,对流感病毒感染宿主细胞转录组进行了分析研究,找出感染以后的宿主细胞对病毒侵入的分子生物学水平的变化,同时建立了研究病毒基因克隆型的方法。首先使用H5N1青海毒株(A/bar-headed goose/青海/1/2005)流感病毒分别感染人类A549和293T细胞,其中对A549细胞感染率较高。为了确定人类细胞对流感病毒感染的宿主细胞反应,采用RNA测序技术,利用流感病毒感染组和未感染的对照组之间的差异鉴定差异表达基因。对鉴定出的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG代谢通路分析。转录组分析结果显示,流感病毒感染导致细胞的基因和代谢通路的变化,为研究流病毒与宿主细胞的复杂关系提供了理论依据。另外开展了克隆型的方法学研究,有助于确定某种疾病是否伴随着特定病毒克隆型的经常出现,从而将疾病与基因关联起来。在此,我们利用MinION平台评估了新兴的直接RNA测序和cDNA测序的结果,并建立了一种结合Illumina测序技术的高准确度和MinION测序技术的长读的新方法来解决流感病毒克隆型的问题。本方法可以快速的识别变异位点数量大于40的流感病毒基因片段的克隆型,修正MinION测序的高错误率,有助于研究宿主中流感病毒基因的克隆型的组成和分布,从而进一步理解其适应性和进化趋势。
【图文】：

逦流感病毒感染转录组分析及病毒克隆型方法学研究逦逡逑来了极其严重的影响。据估计，“西班牙流感”期间，全球患病人数达５亿以上，逡逑发病率约４０％，造成了至少４０００？５０００万人死亡［２Ｇ，２１］。此外，“西班牙流感”逡逑的起源尚不明确，死亡病例中青壮年所占比例较高。对此有研宄提出两种假设：逡逑一种是流感病毒可以引起严重的“细胞因子风暴”，免疫系统健全的成年人反逡逑而会受到强烈的自身攻击，因此病情更为严重［２２］；另一种认为老年人可能曾经逡逑暴露于相似亚型的流感病毒中从而获得了一定的免疫能力［２３］。“亚洲流感”暴发逡逑于我国云南地区，与“西班牙流感”相比疫情严重程度稍低。据估计，病死率逡逑约为０．６７％，在全球约造成１００？２００万人死亡［２１，２４］。１９６８年７月暴发于我国香逡逑港地区的由基因重配产生的Ｈ３Ｎ２流感病毒引起的“香港流感”和２００９年３－４逡逑月暴发于美国和墨西哥的甲型Ｈ１Ｎ１流感的死亡人数则更少，，分别为５０？１００万逡逑［２５】和４０００人左右［２６］。逡逑

图１．３邋Ｈ５Ｎ６禽流感病毒进化途径示意图（毕玉海，２０１６）逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１．３邋Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋Ｈ５Ｎ６邋ＡＩＶ邋Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ邋Ｐａｔｈｗａｙ邋（Ｙｕｈａｉ邋Ｂｉ，邋２０１６）逡逑从病毒粒子顶部到底部的水平线分别代表ＰＢ２、ＰＢｌ、ＰＡ、ＨＡ、ＮＰ、ＮＡ、Ｍ和ＮＳ８逡逑个片段。不同的颜色代表不同的病毒家系，箭头的厚度代表的是途径中Ｈ５Ｎ６分离物逡逑数量的近似值。逡逑１．３流感病毒感染宿主细胞研究逡逑对流感病毒感染后宿主的研究主要围绕宿主本身的生物学特性以及被流感逡逑病毒感染后所诱导产生的包括先天性免疫反应和适应性免疫反应中的免疫细胞逡逑含量、细胞因子和炎症因子等表达水平的变化等方面展开。逡逑１．３．１人体免疫系统逡逑免疫系统（Ｉｍｍｕｎｅ邋ｓｙｓｔｅｍ）是生物体的疾病防御系统，它由体内一系列的逡逑生物结和过组。、、，逡逑
【学位授予单位】：中国科学技术大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R373.13

【参考文献】

相关期刊论文 前2条

1 郑建东;彭质斌;秦颖;冯录召;李中杰;;中国季节性流感防控现状与挑战[J];中华流行病学杂志;2018年08期

2 胡德华,方平;生物信息学在医学上的应用及其社会意义[J];湖南医科大学学报(社会科学版);1999年01期

本文编号：2627841