杨絮蛋白的组分分析及其T、B细胞表位预测

发布时间：2020-11-15 15:08

　　 杨絮是引起过敏性疾病的重要气传变应原之一。为了分析杨絮的蛋白组分并预测其T、B细胞表位,本研究采用有机溶媒法提取杨絮总蛋白,二喹啉甲酸(bicinchoninic acid,BCA)试剂盒检测蛋白浓度。胰酶酶解总蛋白,经高效液相色谱法(high performance liquid chromatography,HPLC)分级、液相色谱-质谱进行组分分析以及质谱质控鉴定;生物信息学方法在线预测不同组分中的T细胞和线性B细胞表位。结果显示,杨絮蛋白总浓度为5.53μg/μL,经酶解及液相色谱-质谱进行组分分析共获得22 023个肽段,质谱质控显示所获肽段的质量偏移(mass error)10 ppm,肽段长度主要分布在8～20个氨基酸残基之间;生物信息学在线预测结果表明,所得肽段含16个高亲和力T细胞表位、2 300个中等亲和力的T细胞表位以及10个线性B细胞表位。该研究结果表明,杨絮的蛋白组分含有具有潜在诱发Ⅰ型过敏性疾病的T和B细胞表位。
【部分图文】：

肽段的质量偏移(mass error)可见,质量误差以0为中轴并且集中在<10 ppm的范围内(图2A),且绝大部分的肽段长度分布在8～20个氨基酸残基之间(图2B)。2.3 T细胞表位预测

变应原的T、B细胞表位是诱发过敏性疾病的功能单位,同时也是发生交叉反应的结构基础。由于植物源性变应原具有广泛的植物种、属,甚至科的共同结构属性和生物活性,不同种属的变应原之间发生交叉过敏反应的现象较为常见[7-8]。随着生物信息学技术的发展,越来越多的T、B细胞表位预测软件和数据库被广泛的应用于疫苗设计及疾病诊断中[9-10]。利用IEDB,通过等位基因的设定,可提高HLA Ⅱ类限制性T细胞表位的准确率[11],NN法是基于此背景下派生出的新型CD4+ T细胞MHC Ⅱ类表位预测方法,进一步提升了表位预测精度[12]。B细胞有线性表位和构象表位2种类型,受多肽链的亲水性、柔韧性、螺旋构象、暴露表面及极性等多种因素影响;BepiPred 2.0是一种运用随机森林算法,基于抗体-抗原间互相作用进行表位注释的预测方法[13],Zhao等[14]通过实验验证了该B细胞表位预测方法具有较高精度。表1 CD4+T细胞表位预测结果 肽段 SMM法匹配 NN法匹配 表位核心 IC50分值 (nM) 表位核心 IC50分值 (nM) TENHLVLWDLRPLGLTGNKVEK VLWDLRPLG 44 VLWDLRPLG 14.6 VHILTDGRDVLDGSS ILTDGRDVL 35 ILTDGRDVL 6.7 GSDNHLILVDLRPLGLDGAR ILVDLRPLG 47 ILVDLRPLG 6.5 YAELLAADQRPLRPDEAELFAK LAADQRPLR 46 LAADQRPLR 4.4 TESQPYNIIPIQNLLADHPSLR IIPIQNLLA 17 LLADHPSLR 5.9 TMLETEELGVSILQDLHQQR EELGVSILQ 32 ILQDLHQQR 115.5 VLLQDFTGVPVVVDLASMR DFTGVPVVV 17 VVVDLASMR 72.4 RIFMLDYHDLYLPYVNK FMLDYHDLY 26 FMLDYHDLY 8.7 QRPEAVLVVLDDNQVFR RPEAVLVVL 32 VVLDDNQVF 93.0 IFMLDYHDLYLPYVNK FMLDYHDLY 79 FMLDYHDLY 12.4 FHLIIVKDPDLKEELR IVKDPDLKE 40 IIVKDPDLK 7.8 VLLDNKDLIIGYISGK VLLDNKDLI 48 VLLDNKDLI 6.4 GGYTTANYIWDLTQAR GYTTANYIW 39 YIWDLTQAR 66.9 NPELAHVLNDPSILR NPELAHVLN 17 VLNDPSILR 7.7 ISAILIDDGLKLDEK ILIDDGLKL 34 ILIDDGLKL 8.0 VLNLTELELDRVDIR VLNLTELEL 38 LELDRVDIR 9.4 注:SMM法和NN 法为2种不同的预测方法;IC50分值为亲和力值,IC50分值 < 50 nM被认为具有高亲和力,< 500 nM被认为具有中等亲和力,IC50分值越小亲和力越高
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本文编号：2884893