基于老鼠免疫抑制数据的基因主效应及交互效应分析

发布时间：2017-04-08 00:15

  本文关键词：基于老鼠免疫抑制数据的基因主效应及交互效应分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：现代生物技术面临着一个巨大的挑战,即如何提出一个行之有效、计算可行的处理高维数据的方法,问题大多集中在处理基因之间的交互效应上.传统的方法受到算法的复杂程度,软件计算能力等方面的限制不再适用.因此,提出一个切实可行的统计方法势在必行.本文主要研究老鼠群体对紫外线辐射引起的免疫抑制易感性基因间的主效应及交互效应.首先,我们利用筛选清理(Screen and Clean)和Dantzig变量选择的方法筛选数据变量,建立合理模型,分析位点间的主效应及交互效应.比较两种方法检测的显著位点之间的区别,并评价两种方法的优缺点.结果显示Dantzig变量选择的方法较前者准确度更高.其次,结合Dantzig变量选择方法提出两阶段法,在全基因组范围内检测老鼠群体的与紫外线辐射引起免疫抑制易感性有关的性状之间的主效应及交互效应.最后,分析总结所应用的方法,识别出主效应显著性强烈的位点是D10Mit170,交互效应显著的位点对是D14Mit266和D19Mit34.
【关键词】：老鼠免疫抑制数据 主效应 交互效应 变量筛选 两阶段法
【学位授予单位】：黑龙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R392;Q811.4
【目录】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-8
• 第1章 绪论8-12
• 1.1 主效应及交互效应概述8-9
• 1.2 应用背景介绍9-10
• 1.3 本文研究的主要内容10-12
• 第2章 预备知识12-14
• 2.1 遗传学基本概念与术语12-13
• 2.2 回交设计13-14
• 第3章 识别主效应及交互效应已有的方法及其应用14-30
• 3.1 数据资料14-15
• 3.2 筛选和清理(SC)方法15-23
• 3.2.1 SC方法介绍15-19
• 3.2.2 SC方法应用于老鼠免疫抑制数据19-23
• 3.2.3 SC方法评价23
• 3.3 Dantzig变量选择方法23-30
• 3.3.1 Dantzig方法介绍23-26
• 3.3.2 Dantzig方法应用于老鼠免疫抑制数据26-27
• 3.3.3 Dantzig方法评价27-29
• 3.3.4 SC方法与Dantzig方法比较29-30
• 第4章 基于老鼠免疫抑制数据在全基因组范围内的主效应及交互效应检测30-34
• 4.1 两阶段检测方法30-34
• 4.1.1 阶段一: Dantzig变量筛选30-31
• 4.1.2 阶段二: 交互效应检验31-32
• 4.1.3 总结32-34
• 第5章 模拟研究34-38
• 5.1 模拟设计34-35
• 5.2 结果分析35-38
• 结论38-39
• 参考文献39-45
• 附录45-54
• 致谢54

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本文编号：291647