日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的生物信息学和B细胞抗原表位分析
发布时间：2020-12-24 03:29
目的对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础。方法基于日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码的氨基酸序列,应用生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性等性质和可能的B细胞抗原表位。结果日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因在3 297～3 311处存在连续15个碱基的缺失,除此之外,该分离株还有4个碱基突变。该基因编码的氨基酸数目为1 651个,蛋白质分子量为167.69 ku,共由20种氨基酸组成,其中含量较多的氨基酸是Gly;理论等电点pI为5.15,消光系数为58 805或58 680,蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性（GRAVY）为0.06,为疏水性蛋白;Signal peptide （Sec/SPI） Likelihood为0.567 7,有信号肽序列;存在一个Pfam区域和自转运体区,分别与细菌黏附宿主和蛋白质转运有关;蛋白二级结构中以无规卷曲为主,其次为β-折叠和α-螺旋...
【文章来源】：安徽医科大学学报. 2020年06期 北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
图1 日本斑点热安徽120分离株ompB基因序列各核苷酸摩尔分数分布
利用Geneva大学的ExPASy服务器(https://web.expasy.org/protparam/)中的ProtParam tool对ompB编码蛋白的理化参数进行了预测。该蛋白的原子组成为C7312 H11658 N2056 O2424 S17,总原子数目为23 467个。理论等电点pI为5.15,在组成ompB编码蛋白的20种氨基酸中,Gly所占的比例最高,达到12.84%,而Cys和Trp)的比例最低,均为0.12%。这些预测结果与Bioedit软件分析结果相一致。此外,课题组还得到ompB编码蛋白的消光系数为58 805(假设所有成对的半胱氨酸残基形成胱氨酸)或58 680(假设所有的半胱氨酸残基被还原),且蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(grand average of hydropathicity,GRAVY)为0.06,根据Guruprased方法表明ompB编码蛋白较为稳定(蛋白质的不稳定系数>40,表明蛋白质在溶液中性质不稳定),且有疏水性(GRAVY值在2与-2之间,正值说明蛋白为疏水蛋白,反之为亲水蛋白)。2.4 ompB编码蛋白疏水性分析
使用SignalP 5.0 server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)的结合了深度神经网络、条件随机分类和迁移学习方法,能对信号肽进行更准确的预测。ompB编码蛋白经分析后,可以看出Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood为0.567 7,存在信号肽序列,见图4。2.6 ompB编码蛋白跨膜区分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]日本斑点热立克次体近缘株重组OmpB蛋白抗原性研究[J]. 宗佳,刘伯玉,陈振,Adams,李嘉嘉,章孝成,刘晓宁,任翠平,柳燕. 安徽医科大学学报. 2017(12)
[2]用DNAStar软件预测Rv1410c结核分枝杆菌蛋白抗原表位[J]. 李江英,白雪娟,梁艳,张俊仙,阳幼荣,赵卫国,吴雪琼. 细胞与分子免疫学杂志. 2015(04)
[3]黑龙江林区野鼠中斑点热群立克次体的核酸检测与序列分析[J]. 左双燕,唐琨,郑元春,霍秋波,宋玉东,曾小敏. 中南大学学报(医学版). 2013(05)
[4]肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测[J]. 俞海洋,陈伟,倪德群,常宏伟,王林定,汤仁树,陈灵芝,丁晓娟,陈敬贤,王明丽. 安徽医科大学学报. 2012(03)
[5]鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备[J]. 郑小莉,张艺,谢晓东,罗波,刘佳佳. 免疫学杂志. 2011(08)
[6]斑点热的实验室诊断技术研究进展[J]. 牛东升,陈香蕊. 传染病信息. 2008(01)
本文编号：2934891
【文章来源】：安徽医科大学学报. 2020年06期 北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
图1 日本斑点热安徽120分离株ompB基因序列各核苷酸摩尔分数分布
利用Geneva大学的ExPASy服务器(https://web.expasy.org/protparam/)中的ProtParam tool对ompB编码蛋白的理化参数进行了预测。该蛋白的原子组成为C7312 H11658 N2056 O2424 S17,总原子数目为23 467个。理论等电点pI为5.15,在组成ompB编码蛋白的20种氨基酸中,Gly所占的比例最高,达到12.84%,而Cys和Trp)的比例最低,均为0.12%。这些预测结果与Bioedit软件分析结果相一致。此外,课题组还得到ompB编码蛋白的消光系数为58 805(假设所有成对的半胱氨酸残基形成胱氨酸)或58 680(假设所有的半胱氨酸残基被还原),且蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(grand average of hydropathicity,GRAVY)为0.06,根据Guruprased方法表明ompB编码蛋白较为稳定(蛋白质的不稳定系数>40,表明蛋白质在溶液中性质不稳定),且有疏水性(GRAVY值在2与-2之间,正值说明蛋白为疏水蛋白,反之为亲水蛋白)。2.4 ompB编码蛋白疏水性分析
使用SignalP 5.0 server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)的结合了深度神经网络、条件随机分类和迁移学习方法,能对信号肽进行更准确的预测。ompB编码蛋白经分析后,可以看出Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood为0.567 7,存在信号肽序列,见图4。2.6 ompB编码蛋白跨膜区分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]日本斑点热立克次体近缘株重组OmpB蛋白抗原性研究[J]. 宗佳,刘伯玉,陈振,Adams,李嘉嘉,章孝成,刘晓宁,任翠平,柳燕. 安徽医科大学学报. 2017(12)
[2]用DNAStar软件预测Rv1410c结核分枝杆菌蛋白抗原表位[J]. 李江英,白雪娟,梁艳,张俊仙,阳幼荣,赵卫国,吴雪琼. 细胞与分子免疫学杂志. 2015(04)
[3]黑龙江林区野鼠中斑点热群立克次体的核酸检测与序列分析[J]. 左双燕,唐琨,郑元春,霍秋波,宋玉东,曾小敏. 中南大学学报(医学版). 2013(05)
[4]肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测[J]. 俞海洋,陈伟,倪德群,常宏伟,王林定,汤仁树,陈灵芝,丁晓娟,陈敬贤,王明丽. 安徽医科大学学报. 2012(03)
[5]鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备[J]. 郑小莉,张艺,谢晓东,罗波,刘佳佳. 免疫学杂志. 2011(08)
[6]斑点热的实验室诊断技术研究进展[J]. 牛东升,陈香蕊. 传染病信息. 2008(01)
本文编号：2934891
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