申克孢子丝菌Sec14基因相关功能和药物靶点分析

发布时间：2020-12-26 23:48

　　目的初步了解申克孢子丝菌Sec14基因DNA、m RNA、蛋白的生物学特征及功能位点。方法生物信息学方法分析申克孢子丝菌Sec14基因DNA、m RNA、蛋白的生物学特征。结果申克孢子丝菌Sec14基因启动子可能位于其基因编码区起始位点前224～274 bp处,包含转录起始位点-265 bp,该基因无内含子;Sec14 mRNA含有丰富转录调节元件,并含有microRNA结合位点;Sec14p样蛋白由351个氨基酸残基构成,分子量为39×103Mr,理论等电点为5.25,二级结构主要由α-螺旋和无规卷曲构成,Sec14p样蛋白的三级结构呈现典型的球状结构,包裹一个疏水性口袋,该区域含有磷脂分子结合区域,蛋白还分布着丰富的磷酸化位点及2个二分裂核定位信号。吡啶酰胺小分子化合物在磷脂分子结合区域与蛋白相作用,结合能为-6.5 kcal/mol,蛋白还具有丰富的抗原表位。Sec14p样蛋白序列在大部分真菌中一致性较好,同源性高。结论申克孢子丝菌Sec14基因具有典型真菌基因组基因特征,mRNA可变性高,其编码蛋白的磷脂分子结合位点可作为新型小分子的药物靶点。 

【文章来源】：热带医学杂志. 2020年04期

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

申克孢子丝菌Sec14基因结构图

以申克孢子丝菌Sec14p样蛋白为Query序列，BLAST显示短尾负鼠、蚊、灵芝、疟原虫缺乏同源蛋白，在人、黑猩猩、恒河猴、小鼠、大鼠、牛、鸡、非洲爪蛙、斑马鱼、线虫、果蝇、酿酒酵母、白念珠菌、马尔尼菲蓝状菌、组织胞浆菌、黑曲霉、新型隐球菌、拟南芥、玉米的同源蛋白分别为（NCBI Reference Sequence):NP＿055507.1、XP＿016815004.1、NP＿001181045.2、NP＿001159979.1、NP＿001102560.1、NP＿001095445.1、NP＿001019865.1、NP＿001007910.1、NP＿957392.1、NP＿001040875.1、NP＿612042.3、NP＿013796.1、KGQ91927.1、QGA16320.1、EGC42265.1、EHA21967.1、AEF13176.1、NP＿001031389.1、NP＿001141937.1。将以上物种的蛋白质序列输入MEGA 6.06中，用ClustalW方法比对，以步展值1 000构建分子进化树，见图5。结果显示，在酿酒酵母、申克孢子丝菌序列与拟南芥和玉米序列的亲缘关系较近，而与哺乳动物亲缘关系较远。然而，Sec14p样蛋白并不表达于所有生物，且其同源性与物种进化不相一致，故不适用于衡量物种进化。3 讨论

申克孢子丝菌Sec14基因DNA具有典型的真菌基因组基因特征，mRNA可变性高，存在特殊功能位点；蛋白具有疏水口袋，可与磷脂分子相结合，为吡啶酰胺小分子化合物筛选提供靶点，且吡啶酰胺小分子对哺乳动物细胞具有良好安全性，是抗真菌药物新药开发的理想靶标。图3 申克孢子丝菌Sec14p样蛋白与吡啶酰胺小分子的分子对接模型

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：2940675