不同浓度酶消化蜱虫样本在宏基因组学研究中的效果初探

发布时间：2021-01-13 21:38

　　目的评价3种浓度核酸酶消化在蜱虫宏基因组学研究中的作用。方法经过3种浓度的核酸酶处理蜱虫样本后,采用Illumina Miseq二代测序仪测序,分析比较蜱虫宏基因组学物种的种类及优势物种reads的丰度,初步评价不同终浓度（0 U/μl、0. 05 U/μl和0. 2 U/μl）的核酸酶处理样本对宏基因组学结果的影响。结果采用核酸酶处理虽然降低了可检出物种的种类,但能够有效提高大部分优势物种的检出比例,尤其是立克次体属、不动杆菌属和Andromedavirus病毒属等物种的检出率;低剂量的核酸酶处理组的提高效果比高剂量处理组和无核酸酶处理组都要好。结论采用低剂量核酸酶（0. 05 U/μl）处理蜱虫样本会提高宏基因组研究中发现立克次体及病毒等病原的几率,为蜱虫及其他生物样本的深度测序过程中样本富集步骤的优化提供了一个初步的实验依据。 

【文章来源】：中国卫生检验杂志. 2020,30(08)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

硬骨脊椎动物分类结果比较

蛛形纲分类结果(属水平)比较

MEGAN软件提供了一个可视化的分类学结果，并提供了多个样本的宏基因组学分类结果的比较。在进化树的界面中(图3)，可以清楚地看出优势物种及其用酶处理前后的二代测序结果表现。与前面的分析结果一致的是，细菌中的立克次体属、考克斯氏体属、不动杆菌属及真核中的硬蜱属均为优势物种。并且用酶处理后的趋势也是完全相同，如立克次体属、不动杆菌属、Andromedavirus属、硬蜱属/恙螨属/血蜱属、犬属的比例都提高了，而考克斯氏体属、假单胞菌属和鼠的比例下降了。对于这53个属的物种，采用MEGAN比对碱基的数目(如图4)能够更清晰地体现这种不同处理方法地变化。其中有27个属的物种(52.8%)在用酶处理后比对碱基数百分比是上升的，有14个属的物种(26.4%)下降了，其中有9个(17.0%)下降到检测不到的水平。这说明用酶处理样本在提高一半多物种的碱基数百分比的同时，也降低了近1/4物种的比例。图4 有酶组和无酶组处理样本中物种(属水平)丰度的比较箱图

【参考文献】：
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本文编号：2975607