金黄色葡萄球菌CRISPR结构及耐药毒力分子特征
发布时间：2021-01-23 02:01
目的1.通过生物信息学的方法分析葡萄球菌中的CRISPR-Cas系统的结构特征,比较CRISPR阳性菌与CRISPR阴性菌之间耐药、毒力基因的携带情况。2.比较MRSA与MSSA菌株耐药、毒力基因的携带情况,分析SCCmec分型及不同型别携带耐药、毒力基因的差异。3.了解金葡菌MLST和spa分型,比较不同型别携带耐药、毒力基因的差异。方法1.从GenBank上下载基因组完成图的金葡菌序列,利用CRISPRs finder和CRISPRCas Finder进行CRISPR位点和cas基因的识别。根据cas基因的序列使用BLAST搜索同源序列。RNAfold web server对重复序列进行RNA二级结构的预测。CRISPR Target为间隔序列匹配前间隔序列,并查看其所在基因编码产物。使用MEGA-X为cas基因绘制进化树。2.在Center for Genomic Epidemiology中检测金葡菌的耐药、毒力基因,预测金葡菌的SCCmec、MLST和spa型别。3.使用SPSS 21.0进行统计分析,比较CRISPR阳性菌与CRISPR阴性菌、MRSA与MSSA菌株之间耐药、...
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
6组CDRs的RNA二级结构和最小自由能注：黑色表示该组CDR来自孤立CRISPR阵列的菌株，红色表示该组CDR来自携带
图 3.2 15 株葡萄球菌Ⅲ-A 型 CRISPR-Cas 系统中间隔序列的分布注：两个间隔序列 DNA 的差异低于 5%，即被视为同一间隔序列。每个间隔序列由一个块、数字（在每株细菌中连续编号）和特定的颜色组成。不同的 CRISPR 阵列被黑色方块开。左侧的菌株名称被标记为最初出现在其 CRISPR 阵列中的间隔序列的颜色。黑色的菌名称表示没有新的间隔序列。3.1.4 PAM除探索前间隔序列外，CRISPRTarget 还可以快速识别潜在的 PAM 序列。 基于 CDRs 的二级结构推测由重复序列组成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的长度集中在 2-12nt，间隔序列的长度范围为 29-43nt，crRNA 长度为 40-62nt。基于 cRNA5'端的核苷酸数量，提取前间隔序列 3'端的核苷酸。通过去除冗余，总共 18组PAM被纳入碱基配对分析。没有发现crRNA和PAM之间完全匹配的碱基对。保守基序 5'-ACGAGAA-3'广泛分布于 crRNA 5'端中。在路邓葡萄球菌 N92014和马胃葡萄球菌 KS1039 中，分别位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7、-8 的5 对碱基对是 crRNA 和 PAM 之间碱基配对最多的基序。（见图 3.3、表 3.4）
个间隔序列 DNA 的差异低于 5%，即被视为同一间隔序列。每个间隔序列由字（在每株细菌中连续编号）和特定的颜色组成。不同的 CRISPR 阵列被黑色侧的菌株名称被标记为最初出现在其 CRISPR 阵列中的间隔序列的颜色。黑色示没有新的间隔序列。4 PAM探索前间隔序列外，CRISPRTarget 还可以快速识别潜在的 PAM 序Rs 的二级结构推测由重复序列组成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的2-12nt，间隔序列的长度范围为 29-43nt，crRNA 长度为 40-62nt。基5'端的核苷酸数量，提取前间隔序列 3'端的核苷酸。通过去除冗余，总M被纳入碱基配对分析。没有发现crRNA和PAM之间完全匹配的碱序 5'-ACGAGAA-3'广泛分布于 crRNA 5'端中。在路邓葡萄球菌 N葡萄球菌 KS1039 中，分别位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7基对是 crRNA 和 PAM 之间碱基配对最多的基序。（见图 3.3、表 3
本文编号：2994324
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
6组CDRs的RNA二级结构和最小自由能注：黑色表示该组CDR来自孤立CRISPR阵列的菌株，红色表示该组CDR来自携带
图 3.2 15 株葡萄球菌Ⅲ-A 型 CRISPR-Cas 系统中间隔序列的分布注：两个间隔序列 DNA 的差异低于 5%，即被视为同一间隔序列。每个间隔序列由一个块、数字（在每株细菌中连续编号）和特定的颜色组成。不同的 CRISPR 阵列被黑色方块开。左侧的菌株名称被标记为最初出现在其 CRISPR 阵列中的间隔序列的颜色。黑色的菌名称表示没有新的间隔序列。3.1.4 PAM除探索前间隔序列外，CRISPRTarget 还可以快速识别潜在的 PAM 序列。 基于 CDRs 的二级结构推测由重复序列组成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的长度集中在 2-12nt，间隔序列的长度范围为 29-43nt，crRNA 长度为 40-62nt。基于 cRNA5'端的核苷酸数量，提取前间隔序列 3'端的核苷酸。通过去除冗余，总共 18组PAM被纳入碱基配对分析。没有发现crRNA和PAM之间完全匹配的碱基对。保守基序 5'-ACGAGAA-3'广泛分布于 crRNA 5'端中。在路邓葡萄球菌 N92014和马胃葡萄球菌 KS1039 中，分别位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7、-8 的5 对碱基对是 crRNA 和 PAM 之间碱基配对最多的基序。（见图 3.3、表 3.4）
个间隔序列 DNA 的差异低于 5%，即被视为同一间隔序列。每个间隔序列由字（在每株细菌中连续编号）和特定的颜色组成。不同的 CRISPR 阵列被黑色侧的菌株名称被标记为最初出现在其 CRISPR 阵列中的间隔序列的颜色。黑色示没有新的间隔序列。4 PAM探索前间隔序列外，CRISPRTarget 还可以快速识别潜在的 PAM 序Rs 的二级结构推测由重复序列组成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的2-12nt，间隔序列的长度范围为 29-43nt，crRNA 长度为 40-62nt。基5'端的核苷酸数量，提取前间隔序列 3'端的核苷酸。通过去除冗余，总M被纳入碱基配对分析。没有发现crRNA和PAM之间完全匹配的碱序 5'-ACGAGAA-3'广泛分布于 crRNA 5'端中。在路邓葡萄球菌 N葡萄球菌 KS1039 中，分别位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7基对是 crRNA 和 PAM 之间碱基配对最多的基序。（见图 3.3、表 3
本文编号：2994324
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