西藏阿里地区细粒棘球蚴人体分离株nad1基因多态性分析
发布时间：2021-01-29 08:51
目的了解西藏阿里地区细粒棘球蚴人体分离株的优势基因型及遗传变异情况,为细粒棘球绦虫的溯源及阿里地区棘球蚴病预防控制策略的制定提供支持。方法收集阿里地区某医院2017年棘球蚴病患者病灶切除样品,提取DNA,PCR扩增线粒体NADH脱氢酶1（nad1）基因,扩增产物测序后用BLAST、ClustalX 1.83和MEGA 7.0软件进行同源性和系统进化分析。下载全国细粒棘球蚴人体分离株的nad1基因,利用DnaSP6分析单倍型;利用NetWork软件制作中国细粒棘球绦虫nad1基因的单倍型网络图。结果共收集80例细粒棘球蚴病患者病灶切除样品,其中38份样品PCR扩增出约550 bp的特异性条带。测序分析结果显示,4份样品为细粒棘球绦虫G6基因型,与蒙古人来源的序列（MH300971.1）一致性为99.8%;其余34份样品均为细粒棘球绦虫G1基因型,与标准序列（AF297617.1）相比,其535位的C碱基突变为G碱基,与阿尔及利亚人来源序列（MG672293.1）的一致性为100%。MEGA 7.0软件分析38份样品的序列,结果显示,T、C、A和G碱基占比依次为44.3%～46.5%、7....
【文章来源】：中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2020,38(01)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
阿里地区细粒棘球蚴人体分离株nad1基因扩增结果
图2 基于线粒体nad1基因序列以邻接法构建的阿里地区细粒棘球蚴人体分离株系统进化树基于nad1序列以邻接法构建的系统进化树结构与Yang等[30]报道的相似，G6、G7、G8与G10基因型聚集在细粒棘球绦虫加拿大株，G1、G3基因型聚集在细粒棘球绦虫狭义株。在我国终末宿主（犬和狼)体内，已发现细粒棘球绦虫G1、G3和G6基因型；在中间宿主山羊和绵羊体内发现细粒棘球绦虫G1、G6和G8基因型；在牛和骆驼体内发现细粒棘球蚴G1、G3和G6基因型；人体感染的细粒棘球绦虫主要是G1、G3、G6、G7和G10基因型[28,31-32]。阿里地区动物资源丰富，除了牧民养殖的牛、羊、犬外，还有野牛、野驴和黄羊等偶蹄类动物，为细粒棘球绦虫多种基因型等的存在创造了条件。但本研究只发现了细粒棘球绦虫的G1和G6基因型，除了与不同的基因型感染宿主的能力有关，可能也与该研究的样本量较少有关。单倍型多样性和核苷酸多样性常用来衡量种群间和种群内的多样性，本研究基于全国细粒棘球蚴人体分离株共44条nad1序列的分析，发现了9个单倍型，单倍型多样性为0.47，核酸多样性为0.19，大于0.01，说明全国范围细粒棘球蚴的遗传变异较大。单倍型网络图显示H4为我国nad1基因主要的单倍型，在西藏、内蒙古和黑龙江等省（自治区）均有分布。说明该单倍型分布广泛，在基因多态性相关的研究中要予以重视。
本研究对阿里地区棘球蚴人体分离株样品采用PCR方法扩增nad1基因，并对PCR产物进行测序分析。有38份患者样品扩增出约550 bp的特异性条带，其中4份为细粒棘球绦虫G6基因型，其余34份均为细粒棘球绦虫G1基因型。这些基因型在国内均有报道[28]。阿里地区生产类型主要是牧业和半农半牧业，细粒棘球绦虫G1基因型是阿里地区主要的基因型，其适宜中间宿主羊是该地区的主要经济来源。有文献报道nad1变异率较高，本研究34份G1基因型的nad1序列与标准序列（AF297617.1）对比，仅在535位有一个碱基突变，与张学勇等[29]报道的不相符，可能与不是全长测序有关。38份细粒棘球蚴分离株的DNA序列里碱基A+T总量约为70%，碱基分布存在偏性，与延宁等[18]报道相似。图3 基于线粒体nad1基因序列构建的中国细粒棘球蚴单倍型网络图
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国棘球蚴病防控进展及其存在的问题[J]. 汪天平,操治国. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(03)
[2]青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究[J]. 张学勇,简莹娜,李秀萍,韩秀敏,才旦卓玛,李福寿,马利青. 中国血吸虫病防治杂志. 2018(02)
[3]2012-2016年中国棘球蚴病抽样调查分析[J]. 伍卫平,王虎,王谦,周晓农,王立英,郑灿军,曹建平,肖宁,王莹,朱曜宇,牛彦麟,薛垂召,曾祥嫚,房琦,韩帅,余晴,杨诗杰,付青,白雪飞,田添,李军建,张梦媛,吴文婷,张山山,侯岩岩,冯宇,马宵,李斌,李凡卡,郭卫东,杨亚明,吴向林,金小林,张红卫,于石成. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[4]阿里地区棘球蚴病流行现状[J]. 肖丹,伍卫平,雪莲,贡桑曲珍,次仁拉姆,边巴卓玛,王栋民. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[5]西藏自治区家畜棘球蚴感染情况调查[J]. 索郎旺杰,伍卫平,旦珍旺久,龙章佑,旦增曲珍,罗钊辉,贡桑曲珍. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[6]西藏自治区犬棘球绦虫感染现状调查与分析[J]. 康珠益西,郑灿军,何瑞峰,贡桑曲珍,白玛央金,索郎旺杰,次仁拉姆,李斌. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[7]西藏自治区4种生产类型地区人群棘球蚴病流行情况[J]. 白玛央金,韩帅,何瑞峰,贡桑曲珍,索郎旺杰. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[8]棘球蚴病流行因素分析[J]. 何叶,尹家祥. 中国热带医学. 2017(04)
硕士论文
[1]青海省两型棘球属绦虫分子种系发生的研究[D]. 朱文君.青海大学 2018
本文编号：3006617
【文章来源】：中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2020,38(01)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
阿里地区细粒棘球蚴人体分离株nad1基因扩增结果
图2 基于线粒体nad1基因序列以邻接法构建的阿里地区细粒棘球蚴人体分离株系统进化树基于nad1序列以邻接法构建的系统进化树结构与Yang等[30]报道的相似，G6、G7、G8与G10基因型聚集在细粒棘球绦虫加拿大株，G1、G3基因型聚集在细粒棘球绦虫狭义株。在我国终末宿主（犬和狼)体内，已发现细粒棘球绦虫G1、G3和G6基因型；在中间宿主山羊和绵羊体内发现细粒棘球绦虫G1、G6和G8基因型；在牛和骆驼体内发现细粒棘球蚴G1、G3和G6基因型；人体感染的细粒棘球绦虫主要是G1、G3、G6、G7和G10基因型[28,31-32]。阿里地区动物资源丰富，除了牧民养殖的牛、羊、犬外，还有野牛、野驴和黄羊等偶蹄类动物，为细粒棘球绦虫多种基因型等的存在创造了条件。但本研究只发现了细粒棘球绦虫的G1和G6基因型，除了与不同的基因型感染宿主的能力有关，可能也与该研究的样本量较少有关。单倍型多样性和核苷酸多样性常用来衡量种群间和种群内的多样性，本研究基于全国细粒棘球蚴人体分离株共44条nad1序列的分析，发现了9个单倍型，单倍型多样性为0.47，核酸多样性为0.19，大于0.01，说明全国范围细粒棘球蚴的遗传变异较大。单倍型网络图显示H4为我国nad1基因主要的单倍型，在西藏、内蒙古和黑龙江等省（自治区）均有分布。说明该单倍型分布广泛，在基因多态性相关的研究中要予以重视。
本研究对阿里地区棘球蚴人体分离株样品采用PCR方法扩增nad1基因，并对PCR产物进行测序分析。有38份患者样品扩增出约550 bp的特异性条带，其中4份为细粒棘球绦虫G6基因型，其余34份均为细粒棘球绦虫G1基因型。这些基因型在国内均有报道[28]。阿里地区生产类型主要是牧业和半农半牧业，细粒棘球绦虫G1基因型是阿里地区主要的基因型，其适宜中间宿主羊是该地区的主要经济来源。有文献报道nad1变异率较高，本研究34份G1基因型的nad1序列与标准序列（AF297617.1）对比，仅在535位有一个碱基突变，与张学勇等[29]报道的不相符，可能与不是全长测序有关。38份细粒棘球蚴分离株的DNA序列里碱基A+T总量约为70%，碱基分布存在偏性，与延宁等[18]报道相似。图3 基于线粒体nad1基因序列构建的中国细粒棘球蚴单倍型网络图
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国棘球蚴病防控进展及其存在的问题[J]. 汪天平,操治国. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(03)
[2]青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究[J]. 张学勇,简莹娜,李秀萍,韩秀敏,才旦卓玛,李福寿,马利青. 中国血吸虫病防治杂志. 2018(02)
[3]2012-2016年中国棘球蚴病抽样调查分析[J]. 伍卫平,王虎,王谦,周晓农,王立英,郑灿军,曹建平,肖宁,王莹,朱曜宇,牛彦麟,薛垂召,曾祥嫚,房琦,韩帅,余晴,杨诗杰,付青,白雪飞,田添,李军建,张梦媛,吴文婷,张山山,侯岩岩,冯宇,马宵,李斌,李凡卡,郭卫东,杨亚明,吴向林,金小林,张红卫,于石成. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[4]阿里地区棘球蚴病流行现状[J]. 肖丹,伍卫平,雪莲,贡桑曲珍,次仁拉姆,边巴卓玛,王栋民. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[5]西藏自治区家畜棘球蚴感染情况调查[J]. 索郎旺杰,伍卫平,旦珍旺久,龙章佑,旦增曲珍,罗钊辉,贡桑曲珍. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[6]西藏自治区犬棘球绦虫感染现状调查与分析[J]. 康珠益西,郑灿军,何瑞峰,贡桑曲珍,白玛央金,索郎旺杰,次仁拉姆,李斌. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[7]西藏自治区4种生产类型地区人群棘球蚴病流行情况[J]. 白玛央金,韩帅,何瑞峰,贡桑曲珍,索郎旺杰. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2018(01)
[8]棘球蚴病流行因素分析[J]. 何叶,尹家祥. 中国热带医学. 2017(04)
硕士论文
[1]青海省两型棘球属绦虫分子种系发生的研究[D]. 朱文君.青海大学 2018
本文编号：3006617
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