DNA甲基化分析中重亚硫酸盐处理DNA样本的转化效率评估方法的研究

发布时间：2017-04-12 14:00

  本文关键词：DNA甲基化分析中重亚硫酸盐处理DNA样本的转化效率评估方法的研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：背景：在DNA甲基化研究中,重亚硫酸盐处理DNA是一种应用广泛的实验方法。重亚硫酸盐能将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶。重亚硫酸盐处理DNA的转化效率决定了DNA甲基化检测的准确性,未完全转化的DNA会在后续的分析中导致假阳性结果。因此,评估重亚硫酸盐转化DNA的效率以提高甲基化研究的准确性是非常必要的。本研究提出一种简单可行的检测方法,通过Real time PCR评估重亚硫酸盐转化DNA的效率。目的：建立一种评估重亚硫酸盐处理DNA样本后胞嘧啶转化效率的有效方法,快速、方便和准确地检测DNA样本经重亚硫酸盐转化的效率。方法：以两组不同的TaqMan Real time PCR检测重亚硫酸盐处理的和未处理的DNA序列,分别建立转化与未转化的β-Actin启动子上游参照序列DNA的Ct值以及对应的DNA拷贝数的标准曲线,再使用相同探针检测人源的DNA经重亚硫酸盐转化后的样本。使用公式：转化率%=转化的DNA拷贝数／(转化DNA拷贝数+未转化的DNA拷贝数)x 100%。设计与已知物种无同源性的序列作为参照序列,将该序列作为参照加入待处理DNA样本中,使用SYBR Green Real time PCR方法评估广泛物种的DNA经重亚硫酸盐转化的效率。结果：建立转化与未转化的DNA标准曲线,分别使用不同探针和引物检测处理后的DNA样本,并使用已知的DNA样本评估该3-Actin启动子上游序列评估该方法的可靠性;同时检测了以无物种同源性的序列作为参照序列的可靠性,使该方法具有更广泛的应用价值。结论：该方法能够有效的评估任何物种来源的DNA样品重亚硫酸盐的转化率,为提高DNA甲基化分析准确性提供有效方法。
【关键词】：DNA甲基化 重亚硫酸盐 Real time PCR 转化率
【学位授予单位】：南京大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R3416
【目录】：

• 英文缩略词表6-7
• 中文摘要7-8
• ABSTRACT8-11
• 前言11-18
• 第一部分 检测人源DNA的重亚硫酸盐转化效率18-31
• 引言18
• 材料和方法18-27
• 结果27-30
• 小结30-31
• 第二部分 广泛物种DNA的重亚硫酸盐转化率检测31-40
• 引言31
• 材料和方法31-37
• 结果37-39
• 小结39-40
• 讨论40-41
• 参考文献41-45
• 综述 基因DNA甲基化及其功能45-57
• 参考文献52-57
• 在校期间发表论文57-58
• 致谢58-59

【共引文献】

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1 李明;宋永胜;吴斌;卜仁戈;;DNA甲基化转移酶及DNA甲基化转移酶抑制剂在肿瘤研究中的新视角[J];癌症进展;2012年06期

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9 肖珩;田l

本文编号：301391