旋毛虫肌幼虫期外泌体的分离和小RNA鉴定
发布时间：2021-04-12 09:15
目的分离纯化旋毛虫肌幼虫分泌的外泌体,并进行鉴定,为研究旋毛虫免疫逃逸机制提供新的线索。方法采用超速离心法提取旋毛虫肌幼虫期外泌体,通过透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、免疫印记和小RNA测序对其进行鉴定。结果旋毛虫肌幼虫期外泌体为有膜的泡状物,直径约80～200 nm,表达外泌体特异性标记蛋白CD63和Enolase,含1 266个已知的miRNA。结论经形态、粒径及标记蛋白分析证实成功分离旋毛虫肌幼虫期外泌体,同时构建旋毛虫肌幼虫期外泌体的小RNA文库,鉴定出多种功能性小RNA,为深入研究旋毛虫肌幼虫期外泌体内小RNA分子的应用提供数据。
【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2020,36(04)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
透射电子显微镜观察旋毛虫肌幼虫期外泌体的形态特征
表1 旋毛虫肌幼虫期外泌体不同大小的百分比Tab.1 Percentage of T. spiralis muscle larvae EXO in various size range Particle size/nm number % 0-80 0 80-200 83 200-300 12 300-500 5 500-1000 02.3 旋毛虫肌幼虫期外泌体的小RNA分析
将所有ML-EXO中的小RNA与各类RNA的比对、注释情况进行总结。结果发现,在ML-EXO小RNA文库中,来源于编码蛋白质的内含子和外显子共6 764种,约占小RNA的0.55%,表明总RNA质量完好,基本没有降解。各类非编码小RNA共206 120种,占小RNA的16.64%,其中rRNA的比例最高,占12.80%。未注释的小RNA共959 200种,占小RNA的77.45%,这部分序列可能是新小RNA序列,其分类和功能值得进一步研究(图3A)。通过将小RNA和miRBase数据库比对,鉴定出已知miRNA共66 352种,占小RNA的5.36%。对已知miRNA用多个软件进行靶基因预测,发现靶基因数量为34 437个(表2)。为了确定预测的靶基因行使的主要生物学功能,本研究通过GO富集分析靶基因的功能分类体系,发现在细胞、生物学调节、代谢等过程中,靶基因显著富集(图3B)。进一步利用ggplot2对丰度前50的miRNA的靶基因进行功能预测,发现其参与了多种免疫调节如MAPK级联反应、JNK级联反应和B细胞活化等过程(图3C)。表2 旋毛虫肌幼虫期外泌体中的miRNA靶基因预测统计Tab.2 Summary of T. spiralis muscle larvae EXO miRNA target prediction software miRNA number Target gene number Count of miRNA::corresponding target gene Target location number targetscan 1279 34859 3662318 4265265 miRanda 1270 34510 2578906 3055763 Result 1266 34437 986331 —
【参考文献】：
期刊论文
[1]旋毛虫肌幼虫排泄分泌蛋白对非小细胞肺癌A549增殖的影响[J]. 吴合亮,李美辰,潘靖丹,邵薪诺,李世昌,王一诺,杜娈英. 医学理论与实践. 2019(09)
[2]旋毛虫TsGLS和TsGAD重组蛋白免疫保护作用的研究[J]. 孟诗,张妍,李晓云,于洁,王爽,李成,刘宇琦,陈博,孟小晴,宋铭忻. 中国兽医科学. 2019(04)
[3]旋毛虫5′-nucleotidase基因特征与克隆表达[J]. 廖成水,王晓利,杜付玉,郁川,余祖华,张春杰,李银聚,吴庭才,刘明远,程相朝. 中国人兽共患病学报. 2018(11)
[4]人脂肪干细胞及其外泌体的分离与鉴定[J]. 李洪超,金银鹏,王皙,李莉,王晓今,周荣,陈成伟,傅青春,程明亮. 中国组织工程研究. 2018(13)
[5]外泌体在寄生原虫中的研究进展[J]. 李佳祺,杨娜,尹德琦,李承桓,陈俊楠,赵琳,王欣欣,孙琬琳,姜宁. 动物医学进展. 2017(10)
[6]大鼠骨髓间充质干细胞来源的胞外囊泡分离和鉴定[J]. 葛锁华,马永宾,芮星,张俊华,汪雪峰,苏建华. 细胞与分子免疫学杂志. 2017(10)
[7]胶质瘤细胞来源外泌体的提取与鉴定[J]. 王维冰,吴世双,付佳乐,于如同,周秀萍. 临床神经外科杂志. 2017(05)
本文编号：3133048
【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2020,36(04)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
透射电子显微镜观察旋毛虫肌幼虫期外泌体的形态特征
表1 旋毛虫肌幼虫期外泌体不同大小的百分比Tab.1 Percentage of T. spiralis muscle larvae EXO in various size range Particle size/nm number % 0-80 0 80-200 83 200-300 12 300-500 5 500-1000 02.3 旋毛虫肌幼虫期外泌体的小RNA分析
将所有ML-EXO中的小RNA与各类RNA的比对、注释情况进行总结。结果发现,在ML-EXO小RNA文库中,来源于编码蛋白质的内含子和外显子共6 764种,约占小RNA的0.55%,表明总RNA质量完好,基本没有降解。各类非编码小RNA共206 120种,占小RNA的16.64%,其中rRNA的比例最高,占12.80%。未注释的小RNA共959 200种,占小RNA的77.45%,这部分序列可能是新小RNA序列,其分类和功能值得进一步研究(图3A)。通过将小RNA和miRBase数据库比对,鉴定出已知miRNA共66 352种,占小RNA的5.36%。对已知miRNA用多个软件进行靶基因预测,发现靶基因数量为34 437个(表2)。为了确定预测的靶基因行使的主要生物学功能,本研究通过GO富集分析靶基因的功能分类体系,发现在细胞、生物学调节、代谢等过程中,靶基因显著富集(图3B)。进一步利用ggplot2对丰度前50的miRNA的靶基因进行功能预测,发现其参与了多种免疫调节如MAPK级联反应、JNK级联反应和B细胞活化等过程(图3C)。表2 旋毛虫肌幼虫期外泌体中的miRNA靶基因预测统计Tab.2 Summary of T. spiralis muscle larvae EXO miRNA target prediction software miRNA number Target gene number Count of miRNA::corresponding target gene Target location number targetscan 1279 34859 3662318 4265265 miRanda 1270 34510 2578906 3055763 Result 1266 34437 986331 —
【参考文献】：
期刊论文
[1]旋毛虫肌幼虫排泄分泌蛋白对非小细胞肺癌A549增殖的影响[J]. 吴合亮,李美辰,潘靖丹,邵薪诺,李世昌,王一诺,杜娈英. 医学理论与实践. 2019(09)
[2]旋毛虫TsGLS和TsGAD重组蛋白免疫保护作用的研究[J]. 孟诗,张妍,李晓云,于洁,王爽,李成,刘宇琦,陈博,孟小晴,宋铭忻. 中国兽医科学. 2019(04)
[3]旋毛虫5′-nucleotidase基因特征与克隆表达[J]. 廖成水,王晓利,杜付玉,郁川,余祖华,张春杰,李银聚,吴庭才,刘明远,程相朝. 中国人兽共患病学报. 2018(11)
[4]人脂肪干细胞及其外泌体的分离与鉴定[J]. 李洪超,金银鹏,王皙,李莉,王晓今,周荣,陈成伟,傅青春,程明亮. 中国组织工程研究. 2018(13)
[5]外泌体在寄生原虫中的研究进展[J]. 李佳祺,杨娜,尹德琦,李承桓,陈俊楠,赵琳,王欣欣,孙琬琳,姜宁. 动物医学进展. 2017(10)
[6]大鼠骨髓间充质干细胞来源的胞外囊泡分离和鉴定[J]. 葛锁华,马永宾,芮星,张俊华,汪雪峰,苏建华. 细胞与分子免疫学杂志. 2017(10)
[7]胶质瘤细胞来源外泌体的提取与鉴定[J]. 王维冰,吴世双,付佳乐,于如同,周秀萍. 临床神经外科杂志. 2017(05)
本文编号：3133048
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