肺炎链球菌stkp基因及其编码蛋白质的生物信息学分析

发布时间：2021-04-30 03:42

　　目的预测和分析肺炎链球菌stkp基因序列及其编码蛋白的理化性质。方法从NCBI数据库获取stkP基因信息;应用EXPASYP、TMHMM、Net Phos、Signal、Conserved Domains在线软件预测stkP基因编码蛋白质的理化性质、跨膜区、信号肽、磷酸化位点和结构域;利用PBIL-GERLAND在线软件分析蛋白二级结构;采用Swiss-Model同源建模方法建立蛋白三级结构模型;应用String软件预测可与StkP蛋白发生相互作用的蛋白质。结果 StkP蛋白质是由659个氨基酸组成的无信号肽、有跨膜结构的不稳定亲水蛋白质,等电点为8.45;可能存在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸等磷酸化位点;结构域由胞外区、跨膜区和胞内区构成,其中胞外区包含4个PASTA （penicillin-binding protein and Ser/Thr kinase-associated）domains;二级结构包括24个α螺旋和13个β折叠片层;StkP主要定位于细胞核,自身蛋白质主要参与β-内酰胺类抗生素相互作用。结论 StkP蛋白为亲水蛋白,可为蛋白的克隆表达、其抗原性研究和表位疫苗的研发... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(03)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 基因及蛋白序列
    2 方法
        2.1 StkP蛋白质的理化性质及亲（疏）水性分析
        2.2 StkP蛋白的跨膜区、信号肽分析
        2.3 StkP蛋白的磷酸化位点分析
        2.4 StkP蛋白质的二级结构预测
        2.5 StkP蛋白质的三级结构预测及建模
        2.6 StkP蛋白质的结构域分析
        2.7 StkP相互作用蛋白预测分析
结果
    1 StkP蛋白质的理化性质及亲（疏）水性
    2 StkP蛋白质的跨膜结构域及信号肽
    3 StkP蛋白质的磷酸化位点
    4 StkP蛋白质的二级结构
    5 StkP蛋白三级结构
    6 StkP蛋白的结构域
    7 StkP蛋白相互作用蛋白预测
讨论



本文编号：3168766