幽门螺杆菌OmpP1蛋白的生物信息学分析

发布时间：2021-08-07 03:07

　　目的应用生物学软件预测幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,Hp）ompP1基因编码蛋白（OmpP1）的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取ompP1基因的相关信息,应用软件MEGAX 10.0.5构建Hp进化树,应用生物信息学软件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性质、跨膜区、信号肽、糖基化和磷酸化位点、空间结构以及抗原表位。结果 ompP1基因核苷酸序列编码区长1 764 bp,编码587个氨基酸;生物信息学分析显示ompP1基因在不同菌株间的同源性为96.2%～97.17%,其编码的OmpP1蛋白是一种性质稳定、偏碱性的亲水蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,含有糖基化和磷酸化位点;OmpP1二级结构中含α-螺旋178个,延长链162个,β转角37个,无规则卷曲210个,分别占30.32%、27.60%、6.30%和35.78%;三级结构分析显示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性结构域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9预测该蛋白含有22个B淋巴细胞和28个CTL淋巴细胞相关抗原表位。结论 Hp OmpP1为碱性亲水性蛋白... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

OmpP1蛋白磷酸化预测

OmpP1蛋白的二级结构预测

使用BepiPred 1.0 Server对OmpP1蛋白进行B细胞抗原表位预测。抗原表位的筛选阈值设置为0.51。结果显示,OmpP1可能含有22个B细胞抗原表位,如135-140,200-206,307-316,519-537等。7 T细胞抗原表位

【参考文献】：
期刊论文
[1]幽门螺杆菌CagA基因编码蛋白的生物信息学分析[J]. 阿孜尔古丽·阿布都克日木,阿布都哈巴尔·阿布都克日木,刘玉梅,许海峰,孜拜旦·吐尔逊,热比亚·努力,孜来古丽·米吉提,德力夏提·依米提,于涛.  中国病原生物学杂志. 2018(03)
[2]胃内尿素酶阳性细菌对幽门螺杆菌感染诊断的影响[J]. 郭长城,熊妍,吴芳草,潘科,张永宏,刘芳,崔古贞,朱莉,王琼,印琳,陈峥宏.  中国病原生物学杂志. 2018(02)
[3]副猪嗜血杆菌主要外膜蛋白基因研究进展[J]. 张斌,汤承,岳华.  动物医学进展. 2013(01)



本文编号：3326955