安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

发布时间：2021-09-23 14:59

　　新型冠状病毒（SARS-CoV-2）作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本... 

【文章来源】：病毒学报. 2020,36(05)北大核心CSCD

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【部分图文】：

新型冠状病毒（SARS-Co V-2)SZ005毒株在Vero细胞中的细胞病变

图1 新型冠状病毒（SARS-Co V-2)SZ005毒株在Vero细胞中的细胞病变图3 新型冠状病毒（SARS-Co V-2）毒株SZ005全基因组二代测序reads读长分布

图2 新型冠状病毒（SARS-Co V-2）毒株SZ005生长曲线图4 新型冠状病毒（SARS-Co V-2）毒株SZ005全基因组二代测序深度及覆盖均一度


本文编号：3405916