贵州省部分地区结核分枝杆菌MLVA基因分型研究

发布时间：2021-10-10 21:42

　　目的应用多位点可变串联重复序列分析技术（MLVA）对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型分析,为贵州省结核病防控提供科学依据。方法选取贵州省150株临床分离株结核分枝杆菌,采用水煮法提取基因组DNA,PCR扩增15个VNTR位点,统计菌株各VNTR位点的重复数目,通过遗传差异值（h）及Hunter-Gaston指数对VNTR位点进行遗传多态性及分辨力评价,采用BioNumerics 5.0软件对各菌株进行聚类关系和最小间距图（minimum spanning tree,MST）分析。结果 PCR检测结核菌株VNTR各位点呈明显多态性,以Mtub21和MIRU26多态性尤为显著,以h值分别为0.559和0.505;MIRU10和ETRB显示较低基因多态性,h值分别为0.052和0.090。聚类分析显示,150株菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,其中Ⅰ群占10.67%（16/150）,Ⅱ群占30.67%（46/150）,Ⅲ群占40.00%（60/150）,Ⅳ群占18.67%（28/150）。4个基因群呈现明显地域分布,毕节市以Ⅰ、Ⅱ群为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

部分标本VNTR位点PCR产物电泳图

按照15个VNTR位点重复数完全相同定义为一个MLVA 基因型划分,150株结核分枝杆菌被分为125个MLVA型别,菌株间无明显的优势MLVA型。聚类分析显示150株结核分枝杆菌被分为4个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ群),其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。标准株H37Rv与Ⅱ群关系较近(图2)。4个基因群呈现明显地域分布,贵州省毕节市以Ⅰ、Ⅱ群菌株为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌株为主要流行菌株。北京型菌株与非北京型菌株无明显聚类关系。对150株菌株进行MLVA最小间距图(Minimum spanning tree)分析,结果见图3。150株菌株形成3个克隆群(Clonal complexes, CCs)和59个单体(singleton),其中遵义菌株主要分布于CC-1, 安顺菌株主要分布于CC-2,毕节菌株主要分布于CC-3,菌株的遗传关系呈现明显的地域分布特点。图3 150株结核分枝杆菌最小间距图

150株结核分枝杆菌最小间距图

【参考文献】：
期刊论文
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[2]贵州省黑线姬鼠钩端螺旋体分离株MLVA分型研究[J]. 刘英,李世军,马青,王定明,唐光鹏,姚光海,周敬祝,陈峥宏.  中国病原生物学杂志. 2017(01)
[3]贵州省2010年五个点结核病流行病学抽样调查细菌学结果分析[J]. 袁薇,张铭,陈依江,陈慧娟,李杨,潘建敏,周华.  中国卫生检验杂志. 2013(06)
[4]安徽省391株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究[J]. 王庆,董海燕,包训迪,赵秀芹,徐东芳,万康林.  中国防痨杂志. 2013(01)



本文编号：3429202