新疆和田地区2016年甲型肝炎病毒流行株基因特征

发布时间：2021-10-12 10:30

　　目的了解新疆和田地区甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus,HAV）流行株基因特征。方法收集新疆和田地区2016年甲型肝炎病例急性期血清标本,经核酸提取、逆转录、套式PCR、序列测定,进行HAV基因分型、主要中和抗原位点氨基酸序列分析,并与GenBank中HAV基因型和亚型代表株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸序列差异或同源性。结果获得和田地区43株2016年IA基因亚型HAV流行株和2株减毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A区的核苷酸、氨基酸序列差异分别为0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A区分别为0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;与2株减毒活疫苗株的氨基酸序列差异为0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位点未发现氨基酸变异,处于负向选择压力;与GenBank中中国新疆、中国四川或日本HAV序列的同源性最高。结论 2016年和田地区HAV流行株为基因IA亚型且分为不同基因簇;HAV流行株和减毒活疫苗株的主要中和抗原位点氨基酸序列保守。 

【文章来源】：中国疫苗和免疫. 2020,26(02)北大核心

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【部分图文】：

2016年和田地区HAV流行株VP1-2A区基因系统进化树

用分析软件对43株HAV流行株序列结构蛋白VP3-VP1编码区（核苷酸1488-3107)540个密码子进行选择压力分析，dN/dS值为0.019，表明存在明显负向选择，未发现正向选择位点，氨基酸序列保守。2株减毒活疫苗株在VP3-VP1编码区的氨基酸序列同样为负向选择，没有发现正向选择位点。讨论

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3432408