两株鼠疫菌pMT1质粒整合入染色体位置的研究

发布时间：2021-12-17 03:51

　　目的将质粒电泳检测不到pMT1质粒而F1抗原阳性的两株鼠疫菌进行基因组测序及生物信息学分析,明确其pMT1质粒序列是否整合至染色体,整合位置和可能的整合机制,以及整合对F1抗原表达和生化特性是否有影响。方法通过提取鼠疫O-1和ST菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及其圈图;通过与参考菌株基因组序列比较来描述基因组一般特征;通过序列比对（Blast/Mauve）确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点;最后进行F1抗原检测和生化测定。结果O-1菌株基因组包括一个环状染色体（4.79Mb）,两个环状质粒（70.3Kb,9.6Kb）;O-1菌株染色体基因数目较CO92菌株多,染色体的插入序列（尤其是IS100和IS1541）较CO92菌株多;O-1菌株质粒（p CD1和p PCP1）与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列:2个IS100,2个IS1541A,1个IS285... 

【文章来源】：大理大学云南省

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

鼠疫菌株质粒DNA电泳图

两 个 质 粒（pCD1,pPCP1），缺失 pMT1 质粒。详见图 3.1。图 3.1 鼠疫菌株质粒 DNA 电泳图3.2 基因组 DNA 提取从电泳结果看，O-1 的 5 个平行样本中 1 和 2 的条带较强，其余相对较弱；ST的 5 个平行样本 8 和 9 的条带较强，其余相对较弱，与 Marker 对照，条带高度大于对照，即提取的 DNA 大小是大于 10Kb 的。详见图 3.2。图 3.2 鼠疫菌 ST 和 O-1 基因组 DNA 电泳图注：1-5 号为 O-1 菌株 DNA，6-10 号为 ST 菌株 DNA，EV 为 EV76 菌株,做对照，M 为 1Kb Marker

图 3.3 O-1 菌株的染色体圈图注：最外部刻度线的单位为 bp；由外圈至内圈依次为：第 1 圈是刻度线，线上的红色区域代表染色体中 pMT1 序列的位置；第 2 和 3 圈分别代表染色体基因的正链和反链（蓝绿色和玫红色）；第 4 圈代表 IS100(绿色）；第 5 圈代表 IS1541A（红色）；第 6 圈代表 IS285（深蓝色）；第 7 圈代表 IS1661（棕色）；第 8 圈代表 G+C%含量（黑色高于基因组平均值，灰色低于基因组平均值）；第 9 圈代表 GC skew 曲线（GC 偏移：G-C/G+C），黄绿色代表值大于 1，紫色代表值小于 1。

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]鼠疫耶尔森菌质粒缺失株的构建及其致病相关的研究[D]. 倪斌.西北农林科技大学 2008

硕士论文
[1]鼠疫耶尔森氏菌降解其分泌的鼠毒素研究[D]. 范艳晓.安徽医科大学 2016



本文编号：3539357