瓦状垒叠靶向测序技术实现HLA基因的高分辨率分型

发布时间：2022-01-05 23:19

　　背景:HLA基因是目前已知的最复杂的人类基因系统,具有高度的多态性,其基因区域仅占人全基因组大小0.13%,却与100多种疾病相关,主要在调节免疫应答、免疫功能紊乱、疾病易感性、癌症以及药物反应等方面。对HLA基因的分型,能促进理解疾病的因果关系,以及促进移植医学的发展。而高分辨率的HLA分型结果对自身免疫性疾病和感染性疾病的治疗具有重要意义。在移植医学领域中,HLA基因的高分辨率分型也极为重要,如果供体与受体之间的HLA配型不合,那么将引发器官或骨髓移植后产生的免疫排斥反应。建立大规模HLA高分辨率分型数据库,也是移植医学领域和精准医疗领域所必须的。尽管目前已经开发了很多基于第二代测序技术的HLA分型方法,但由于低效率、步骤复杂和高成本的原因,限制了这些方法成为群体水平的高通量HLA分型手段。第三代测序技术单分子测序方法能对接近20 kb的序列进行测序,能实现超高分辨率的HLA分型。而传统的PCR方法在获得用于第三代测序文库时具有潜在的如嵌合或断缺的风险,因此,高质量文库的获得对实现超高分辨率的HLA分型至关重要。结果:基于上述原因,我们开发了一种成本低廉的瓦状垒叠靶向捕获测序技术来... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１．１．１?ＨＬＡ基因位置示意图（图片引自［７］）

ＢＫＤ２?ｖ－，如ｄ＇．??图１．?１．３?ＨＬＡ基因的功能（图片引自［１］）。??ＨＬＡ最主要的功能之一是对蛋白质抗原的处理与递呈。病毒抗原或肿瘤抗原等内源性??抗原，在降解成肽段后与ＨＬＡ－?Ｉ类抗原分子结合后呈递到细胞表面，供ＣＤ８＂＂Ｔ细胞识别。??而由非自身细胞产生的外源性抗原降解而成的肽段

图１．３．?１直接测序法和基于ＮＧＳ进行ＨＬＡ分型的实验流程（图片引自ｔ４°］）。Ａ．基于一代??测序的ＨＬＡ分型方法流程。如果分型结果出现摸棱两可的情况，涉及到２－３轮验证。Ｂ．??基于二代测序的ＨＬＡ分型方法。一次性获得多个基因的高分辨率分型结果。??１．３．?１下一代测序技术的原理及应用??自２００３年人类基因组计划完成之后，测序技术发展迅猛，多种测序产品在市场上出??现，接受市场的检验。而下一代测序技术脱颖而出。下一代测序技术又被称为二代测序技??术或高通量测序技术，这是相对于一代测序技术（Ｓａｎｇｅｒ?Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）而言的。与一代??测序每个反应只能测一条且最多为１０００?ｂｐ的碱基相比，二代测序技术能一次性并行对几??百万到几千万的短序列ＤＮＡ分子（ｒｅａｄｓ）进行测序（３００－６００?ｂｐ），这使得二代测序技术??在处理大规模样品时具有显著的优势，在测序速度及测序通量上具有无可取代的地位，是??组学研究如全基因组学和转录组学中的核心技术［４１］。??一一

【参考文献】：
期刊论文
[1]枯草芽胞杆菌Bs-916的全基因组分析[J]. 王晓宇,罗楚平,陈志谊,刘永锋,刘邮洲,聂亚锋,于俊杰,尹小乐.  中国农业科学. 2011(23)



本文编号：3571232