小管福寿螺感染广州管圆线虫前后差异表达基因的筛选及免疫、生长相关基因的表达分析

发布时间：2022-01-05 20:01

　　目的:通过对福寿螺感染广州管圆线虫前后差异表达基因的筛选,探究这些差异表达基因的时空变化,初步了解广州管圆线虫与其中间宿主福寿螺之间的相互作用关系。方法:1.基于前期小管福寿螺感染广州管圆线虫转录组测序结果与分析,筛选与感染有关的差异表达基因。取感染广州管圆线虫1、10、20d的福寿螺肝胰腺和血淋巴样本,提取总RNA后反转录,用于荧光定量PCR,对3个时期的基因表达变化进行定量分析和进一步探究。2.以实验室饲养的小管福寿螺为实验材料,经广州管圆线虫感染,分别于感染后1、10、20、30 d取其肝胰腺、头足部、肾脏、肠道和鳃组织,提取RNA反转录成cDNA,并设置空白对照。挑取免疫和细胞生长相关基因进行生物信息学分析,并用荧光定量PCR方法探究其在福寿螺各组织中的表达、分布以及感染广州管圆线虫后的时空表达差异。3.以实验室饲养的成年和幼年小管福寿螺为实验材料,用不同广州管圆线虫虫量（设置3个虫量:1500条、2500条、3500条）感染螺,分别于感染后1、10、20、30 d取幼年和成年小管福寿螺的血淋巴样本,提取RNA反转录成cDNA,并设置空白对照。挑取免疫和细胞生长相关基因进行生物... 

【文章来源】：中国疾病预防控制中心北京市

【文章页数】：84 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

基因功能富集图

感染后１、１０、２０ｄ相对空白组的差异表达基因，具体差异数目如图２所示，在??感染后的３个时期，下调基因数目均多于上调基因数，感染１０?ｄ时的差异表达??基因总数最少。各时期差异基因韦恩图如图３所示，其中在３个感染期相对空白??组均有差异表达的基因仅有１３个。??的??８｝??７Ｄ??，６３??ｌ｜?５３??Ｓｉ?４３??｜??Ｉ?ｌｌｌｌ?Ｉ?ｌｌ?Ｉ?Ｉ?ＩＩＩ?ｌｌｌｌｌｌｌ??Ａ＂?／?／?＞?／?儀Ｖ??Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｔＫｆｓｓ?Ｃｅｌｌｕｌａｒ?Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ?Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?Ｉ?ｕｎｃｌｉｏｎ??图１基因功能富集图??Ｆｉｇｕｒｅ．?１?Ｇｅｎｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??７??

ｔ基因的拷贝数，本实验中以对照组为空白对照，以广州管圆线虫处理组为实验组，??小管福寿螺】８ｓ基因作为内参基因。采用ｅＡ－ＡＡＣｔ?（ｅ为扩增效率）计算目的基??因的差异表达倍数，其中ＡＣｔ?（实验组）＝Ｃｔ?（目的基因）－Ｃｔ?（内参基因），??ＡＣｔ?（对照组）＝Ｃｔ?（目的基因）－Ｃｔ?（内参基因），ＡＡＣｔ＝ＡＣｔ?（实验组）－ＡＣｔ??（对照组），目的基因在感染处理后相对未处理组的表达变化倍数为Ｋ－ＡＡＣｔ??（根据前期预实验，ｅ默认为２）。??３．３结果??在本实验中提取的ＲＮＡ，分光光度计检测显示，ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均在１．７－２．１??之间，ＯＤ２６０／ＯＤ２３０的比值均在２．０－２．４，?ＲＮＡ浓度值均大于１００ｎｇ／ｕｌ说明提取??的ＲＮＡ完整性较高，品质较好，可以用于后续的逆转录实验。??在荧光定量实验中，目的基因和内参基因的扩增曲线和融解曲线清晰，均达??到了分析标准，部分结果如下图５。??


本文编号：3570986