利用ATAC-seq技术在人免疫细胞中检测染色质开放性的方法建立

发布时间：2022-01-11 08:07

　　基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术（assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq）是近年来较为热门的一项用于检测染色质开放性的表观遗传组学技术。为确定适用于人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法,本研究探寻细胞裂解条件,发现0.1%NP-40能温和且较为彻底地裂解细胞。具体方法为使用Tn5转座酶切割染色质并连接测序接头,利用PCR扩增建库;运用2100Bioanalyzer毛细管电泳和统计分析文库中的DNA片段,得到片段呈周期性排布的ATAC-seq文库分布模式。使用一系列生物信息学工具确定文库质量,发现样本总比对率大于94%,线粒体基因组百分率低于38%,所得ATAC-seq信号在转录起始位点附近有明显富集,技术重复间可重复率约为80%。以上从多个维度表明实验及文库制备的整个过程质量良好,是较为理想的用于处理人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法。 

【文章来源】：现代免疫学. 2020,40(02)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

裂解前后细胞的锥虫蓝染色结果（×200)

ATAC-seq建库相关质控

使用测序后的数据分析去除接头后经过比对的片段，能够更加准确地统计经过转座后插入片段的长度。本研究运用生物信息学工具，得到了插入片段的分布，由于Illumina测序本身的特性，超过1 000bp的长片段未被展示（图3）。与2100Bioanalyzer的结果类似，插入的序列以大约200bp为间隔周期性排布，显示了在细胞核内DNA分子被整数个核小体所包裹的特性。同时还存在大量小于200bp的片段，代表染色质上开放的区域。这些区域的DNA分子没有核小体的结合和阻碍，从而使Tn5转座酶可以更为自由地接近并切割DNA链，以产生长度较小的片段。本研究所得到的文库中符合ATAC-seq技术特点的无核小体区域峰和单核小体峰均有出现，满足ENCODE标准（图3）。2.5 转录起始位点的信号富集

【参考文献】：
期刊论文
[1]免疫系统和表观遗传学调控:一个新的前沿领域[J]. 周光炎.  现代免疫学. 2004(01)



本文编号：3582435