一起甲型副伤寒暴发菌株的基因组遗传和耐药特征

发布时间：2022-01-22 02:25

　　目的了解2016年江阴市一起甲型副伤寒暴发菌株的基因组遗传和耐药特征。方法采用二代测序技术（NGS）,对分离到的9株菌株进行全基因组测序。经数据过滤和de novo组装后,获得基因组序列。将其与公共数据库下载国内流行株和国际参比菌株比较,获取单拷贝核心基因序列SNP,构建系统发生树。同时通过比对MLST数据库,获取MLST分型情况;通过比对ResFinder数据库和ARDB数据库获取耐药基因携带情况。采用Kirby-Bauer纸片扩散法进行15种临床常用抗生素敏感性测试。结果组装后9株甲型副伤寒菌株均为4.5M左右,且均为ST85型;系统发生树分析显示这9株菌株聚在一起,且同云南元江甲型副伤寒暴发菌株的亲缘关系最近。9株菌株均对四环素、氯霉素、复方新诺明、萘啶酸、红霉素和阿奇霉素耐药,均携带了介导氨基糖苷类耐药的aac（6′）-Iaa基因,以及介导喹诺酮类耐药的gyrA p、S83F和parC p.T57S突变,同时还携带ABC、RND和MF家族外排泵相关的耐药基因。结论本暴发疫情是由共同来源的、具有多重耐药性ST85型甲型副伤寒沙门菌引起。应用基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、... 

【文章来源】：江苏预防医学. 2020,31(04)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

甲型副伤寒菌株k-mer tree

甲型副伤寒菌株SNP tree

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3601385