应用微生物数据分析云平台筛选巴尔通体特异基因及设计探针

发布时间：2022-02-26 09:25

　　目的应用微生物数据分析云平台筛选巴尔通体特异基因,并设计巴尔通体属（Bartonella spp.）细菌检测通用引物和探针。方法登录微生物数据分析云平台,选择"Special_Marker_Gene"工作流,上传目标菌基因组序列,设置参数Align（覆盖度）和E（相似度）。运行完成后,将得到1份特异基因序列表。为进一步确认筛选基因的特异性,可将筛选序列片段用美国国立生物技术信息中心-序列局部比对工具（NCBI-BLAST）进行验证,根据筛选片段设计实时荧光定量PCR引物或探针,并分析实验结果。结果应用上述方法筛选到巴尔通体特异基因49个,选择NCBI-BLAST验证后覆盖度和特异性水平高的基因序列设计引物和探针,经预实验分析,以格拉汉姆巴尔通体（Bartonella grahamii,Bg）基因组中的yfeC基因（ACS50472.1₇9）为靶序列设计的Bar5引物和TaqMan探针检测效果良好:可以扩增12种巴尔通体,通用性较好,其他种属的生物核酸样品均未出现荧光信号;最低检出限为3.47×10拷贝/反应;经重复性分析,组... 

【文章来源】：中国媒介生物学及控制杂志. 2020,31(05)

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 菌株、生物样品的核酸和基因组序列
    1.2 主要仪器设备与试剂
    1.3 靶基因的筛选
    1.4 引物、探针的合成与检测
        1.4.1 引物、探针设计和标准质粒合成
        1.4.2 通用性检测
        1.4.3 特异性检测
        1.4.4 敏感性检测
        1.4.5 重复性检测
        1.4.6 扩增效率检验
        1.4.7 反应体系及参数
2 结果
    2.1 靶基因筛选与引物设计
    2.2 特异性检测
    2.3敏感性检测
    2.4 重复性分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]蚊寨卡病毒核酸检测体系的建立与初步应用[J]. 谢甜,罗陆婷,尹庆庆,丁琳,潘怡承,滕萍英,谢郁,刘转转,陈晓光,周晓红.  中国病原生物学杂志. 2017(09)
[2]基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建[J]. 陈晨,彭珂,王海印,杜鹏程,张雯,张媛媛,于伟文.  疾病监测. 2013(03)
[3]微生物在线生物信息分析系统的开发及应用[J]. 于伟文,杜鹏程,陈超,陈晨,吴一雷,张雯.  疾病监测. 2012(04)
[4]乙胺丁醇耐药基因embB突变的杂交荧光显微观测[J]. 陈庆海,黄君富,府伟灵,张雪,匡红,王珂.  中华医院感染学杂志. 2010(11)



本文编号：3644372